В годы лагерных скитаний он встречался и общался со многими интересными людьми — философами, историками, учеными самых различных специальностей. В одном из лагерей образовался кружок, участники которого читали для друзей лекции каждый по своей специальности. В результате такого общения были написаны первые научные работы Б. Д. Дандарона — «О взаимоотношении материи и духа» и «Эстетика».
Все эти годы Бидия Дандарович усердно практиковал буддийское тантрийское созерцание. Тантра — это одно из направлений буддизма, предполагающее непосредственную встречу с реальностью буддовости, достоверное знание пути Будд и становление на него. После работы на лесоповале на сон оставалось не более восьми часов. Но именно это время Бидия Дандарович употреблял на практику созерцания. «Здесь нельзя пропускать ни одного дня, — говорил он, — иначе ничего не получится. Когда все укладывались спать, я усаживался и практиковал. Поначалу надзиратели требовали, чтобы я ложился, но я им говорил, что у меня болит сердце и что я могу спать только сидя. Со временем они к этому привыкли. Вообще в лагере духовное продвижение шло очень быстро. Вот только при таких интенсивных занятиях питания не хватало — хотя бы чашки бульона в день или немного жира».
Живя после лагеря в Кижинге, Бидия Дандарович женился на кижингинке Зундыме. От этого брака у него родились несколько детей. Один из них — Гунга-Нинбо Бидияевич, доктор физико-математических наук, основатель Улан-Удэнского университета.
По некоторым сведениям, которые мне трудно проверить по независящим от меня причинам, незадолго до 1947 г., когда он был арестован опять, Бидия Дандарович письменно обратился к Сталину с просьбой разрешить открыть буддийский дацан в Бурятии. Разрешение пришло, когда Дандарон был уже арестован.
После ареста в 1947 г. Бидия Дандарович провел восемь лет в неволе: вначале под следствием, а затем в лагерях. В 1956 г. Бидия Дандарович был освобожден из тюрьмы и полностью реабилитирован, с него была снята судимость и аннулированы все нелепые обвинения, выдвигавшиеся против него. По приглашению он сперва работал в Институте востоковедения АН СССР, но через полтора года перешел в Бурятский комплексный НИИ АН СССР в Улан-Удэ (ныне БИОН — Бурятский институт общественных наук).
Работа в БКНИИ-БИОНе — это особый и необычайно плодотворный период в жизни Бидии Дандаровича. Здесь им был тщательно исследован фонд тибетских и монгольских рукописей и ксилографов, хранящихся в рукописном отделе, издано несколько «Описаний рукописей и ксилографов», несколько описаний собраний сочинений (сумбумов) разных тибетских и монгольских авторов, написано множество статей, ряд монографий, выполнено большое количество переводов с тибетского и монгольского языков на русский. Только изданных работ Б. Д. Дандарона насчитывается более 30, а сколько еще ждут опубликования!
Здесь же в 1959 г. он встретился с приехавшим в Улан-Удэ Ю. Н. Рерихом. Ими совместно был продуман план буддологических исследований, намечены издания и переводы, которые предстояло выполнить в первую очередь.
О необычайной работоспособности Бидии Дандаровича можно судить хотя бы по такому факту. Одной из последних работ, выполненных им в стенах БИОНа, является фундаментальное описание монгольского Ганжура («Перевод сказанного Буддой») в 108 томах большого формата. Само описание выполнено на 950 листах, т. е. составляет 38 печатных листов. Такой объем работы старший научный сотрудник обычно выполняет за три года. Здесь же работа была выполнена за 108 рабочих дней. Ежедневно я утром приносил ему из хранилища один том Ганжура и вечером относил обратно в хранилище, уже полностью описанный. Эта работа (как, впрочем, и многие другие) лежит без движения в отделе памятников письменности Востока в БИОНе.
В это же время, в 1970 году, Бидия Дандарович написал одну из самых интересных своих книг — «Мысли буддиста». Она разошлась в самиздате под псевдонимом Читтаваджра (детское имя Учителя), так как к тому времени тучи над буддизмом и буддистами в Бурятии уже вновь сгустились. И на процессе 1972 года («Дело Дандарона») была предпринята попытка представить эту книгу в качестве одного из главных доказательств «вины» Б. Д. Дандарона. Однако авторство книги следствию доказать не удалось.