Крестьянство и казачество ответили на грабеж массовыми восстаниями. Сталин, имея неограниченные полномочия, заодно назначил себя председателем Реввоенсовета Северо-Кавказского военного округа и руководителем обороны города от не принявших советской власти казачьих частей генерала П. А. Краснова, избранного Донским атаманом.
Иосиф Виссарионович категорически не доверял военным специалистам, служивших в штабе округа, предпочитая периодически топить бывших царских офицеров в Волге. Климент Ефремович, ненавидевший «белую кость» всем своим пролетарским нутром, немедленно стал членом военного совета округа и командующим Царицынской группой войск.
В сентябре 1918 года Реввоенсовет Республики приказал сформировать на базе Северо-Кавказского округа Южный фронт со штабом в Козлове; командующим поставили «военспеца», бывшего генерала П. П. Сытина. Из войск царицынского и камышинского направлений была организована 10-я армия под командованием Ворошилова. Армия состояла в основном из выбитых с Украины партизан, а также из деклассированных элементов. Член реввоенсовета армии А. И. Окулов свидетельствовал:
«Им ничего не нужно, только „немножко резать“, — кого, за что — это решительно безразлично. Громаднейшие обозы некоторых частей, где скрываются тысячи мародеров, дезертиров и лодырей, как саранча опустошают окрестности, пожирают снабжение, сеют панику и разложение… Частью в силу того, что творит 10 армия среди мирного населения, и может быть больше всего именно по этой причине, мы ведем войну среди неприятельской страны… В результате при приближении наших войск мирное население нередко вооружается, оказывает нам отчаянное сопротивление, а при поражении повально бежит, захватывая с собой все, что можно, а остальное пряча и уничтожая».
Сталин и Ворошилов, в переписке с Москвой сами себя скромно величавшие «виднейшими членами партии», категорически отказались переезжать в Козлов и подчиняться «не заслуживающему доверия» бывшему генералу, требуя право голоса во всех военных решениях.
Склока дошла до Ленина. Ильич принял сторону Троцкого. В результате Сытин остался на посту командующего с персональным мандатом РВСР на «полную самостоятельность в вопросах стратегически-оперативного характера». Сталина во второй половине октября отозвали из Царицына, Ворошилова вывели из состава реввоенсовета фронта.
Троцкий, взявшийся за насаждение в армии железной дисциплины, бывшего слесаря характеризовал как средоточие «доморощенной оппозиции унтер-офицеров и партизан против централизованной военной организации и военных специалистов». С тех пор Ворошилов стал верным соратником Сталина в борьбе против Троцкого.
В ноябре Климента Ефремовича, в связи с полной некомпетентностью, отстранили от командования армией и назначили наркомом внутренних дел в спешно сформированное Временное рабоче-крестьянское правительство Украины. Оно, не медля, опубликовало манифест, в котором объявило о низложении гетмана Скоропадского и «восстановлении всех завоеваний» Октября.
Вслед за манифестом в поход двинулись советские войска, образовавшие в январе 1919 года Украинский фронт под командованием В. А. Антонова-Овсеенко. Заметно активизировались и многочисленные крестьянские повстанческие формирования, выступавшие временно в одной упряжке с большевиками.
Некоторое время Ворошилов командовал войсками Харьковского округа, в июне 1919 года исполнял обязанности командующего 14-й армией, формируемой из остатков 2-й Украинской армии и выбитых из Крыма и Екатеринослава красных частей. Антонов-Овсеенко докладывал в Москву:
«Ворошилов был командующим на определенном участке внутреннего фронта. Имел на нем вначале большие неудачи, поправленные удачами на других участках, где командовал не он. Приписывать себе успех борьбы с Григорьевым он может лишь по большому недоразумению. Донесение его штаба о разгроме Григорьева под Александрией оказались ложными… Утверждения Ворошилова в области его собственных успехов постыдно преувеличены».