Вскоре после вмешательства Сталина 21 сентября 1933 года Тухачевский подписывает приказ № 0113 РВС о создании РНИИ в системе Наркомата по военным и морским делам СССР. А Постановлением Совета Труда и Обороны № 104 СС от 31 октября 1933 года за подписью В.М. Молотова организация Реактивного института возлагается на Наркомат тяжёлой промышленности. Так новому делу даётся большой ход и государственный масштаб. Королёв сразу оценивается руководством страны как весьма зрелый и перспективный человек. Ему присваивается звание военного инженера, соответствующее уровню современного генерал-лейтенанта. Справка от 9 декабря 1933 года удостоверяет, что С.П. Королёв действительно является заместителем начальника института с окладом 700 рублей. О таких деньгах тогда можно было только мечтать. Между тем Королёву не было и 27 лет.
Но, как это чаще всего бывает, неожиданные взлёты таят в себе ещё более неожиданные падения. И только тот, кто способен не падать духом, достигает ещё больших вершин. Это про Королёва… Второе пересечение его деятельности с деятельностью Сталина оказалось для него тяжелейшим испытанием… Сталина Королёв ценил всегда, но, пройдя через все испытания, он, как это ни странно, только утвердился в своём отношении. И когда объявили о смерти Сталина, переживал так, словно потерял лучшего друга. Об этом свидетельствуют его письма-дневники.
1953 год. 5 марта: «Тревога не оставляет сознание ни на минуту. Что же с ним будет и как хочется, чтобы всё было хорошо».
6 марта: «Умер наш товарищ Сталин… Так нестерпимо больно на сердце, в горле комок и нет ни мыслей, ни слов… В самые трудные минуты жизни всегда с надеждой и верой взоры обращались к товарищу Сталину… Его великим вниманием была согрета любая область нашей жизни и работы…»
7 марта: «Не могу ни за что взяться и собраться с мыслями».
8 марта: «Как страшно тяжело на сердце».
9 марта: «Как страшно тяжело… Наш товарищ Сталин всегда будет вечно жить с нами».
То же самое слышала от Королёва его дочь. Но вот что она не могла понять:
Да! Королёв был в числе жестоко репрессированных в 30-е годы. Однако, когда докапываешься до оснований его ареста, полностью осознаешь причины столь уважительного отношения Королёва к Сталину. Это, если не закрывать глаза на всё(!), что было…
Не успел 26-летний Королёв в соответствии с умопомрачительной в его возрасте карьерой надеть генеральскую форму с двумя ромбиками в петлицах, как ему в начале января 1934 года преподнесли новогодний подарок: освободили от должности заместителя начальника РНИИ. По словам дочери,
К этому приказу приложили руки заведовавший научно-техническими делами ВСНХ СССР Н.И. Бухарин и М.Н. Тухачевский. По договорённости с ними не переносивший Королёва начальник РНИИ И.Т. Клейменов сократил начинающего «организатора космических полётов» до «старшего инженера бригады Е.С. Щетинкова», чтобы не устраивал непримиримых выяснений отношений с руководством. Вдобавок ко всему 11 января 1934 года приказом по личному составу РККА Королёва уволили с действительной военной службы в резерв. Но это было только начало самой чёрной полосы в его жизни, продлившейся около 10 лет.