Никаких доказательств виновности Чернышевского найти не удалось и жандармы почти полгода проверяли его архив на наличие преступных записей симпатическими чернилами. После голодовки месяцами не вызываемого на допрос Чернышевского, ему разрешили работать и к февралю 1863 года он закончил в Алексеевском равелине свой знаменитый роман «Что делать?» Антигосударственное произведение было передано в Третье отделение. Там поленились его прочитать и передали в цензурное управление. Цензоры подумали, что жандармы не нашли никакой крамолы, побоялись спросить у них подробности, поленились прочитать роман государственного преступника и передали его Некрасову, который весной 1863 года напечатал «Что делать?» в возобновленном «Современнике», подняв на ноги всю молодежь в империи. Вот так работали государственные органы России в 1863 году!
Против Чернышевского подготовили подложные документы и лжесвидетелей, обвинив его в написании прокламации «К барским крестьянам». Дело было сделано топорно и о подлогах узнала вся Россия. В феврале 1864 года Правительственный Сенат объявил приговор отставному титулярному советнику Н.Г.Чернышевскому: «За злоумышление к ниспровержению существующего порядка, за принятие мер к возмущению и за сочинение возмутительного воззвания к барским крестьянам и его передачу для напечатания и распространения – лишить Чернышевского всех прав состояния и сослать в каторжную работу в рудниках на четырнадцать лет и затем поселить в Сибири навсегда». Александр II утвердил приговор и написал на нем: «Быть по сему, но с тем, чтобы срок каторжной работы был сокращен наполовину». После Чернышевского уже спокойно стали судить за «преступный образ мыслей, за знакомство с некоторыми из близких знакомых государственных преступников».
19 мая 1864 года в Петербурге над Чернышевским палачи совершили гражданскую казнь. Его поставили на колени на эшафоте Мытнинской площади, прочитали приговор, сломали над головой шпагу и заковали. Эшафот под овации забросали букетами цветов, Чернышевского быстро увезли в карете, а метальщиц букетов арестовали. Власти нарывались на метания не букетов, а чего-то другого. Им оставалось ждать совсем немного. Несколько тысяч человек, присутствовавших на гражданской казни Чернышевского, рассказали о ней всей России. Полковник Отдельного Корпуса жандармов докладывал главноуправляющему Третьим отделением: «На площади были литераторы, сотрудники журналов, много студентов, три воспитанника Училища правоведения, до двадцати человек воспитанников корпуса путей сообщения, несколько офицеров гвардейских и армейских полков, много лиц дворянского сословия. Вся толпа говорила о лжесвидетельствах. По окончании приговора Чернышевского должны были переодеть в арестантскую одежду, но ее забыли привести».
Государственного преступника Чернышевского повезли в Нерчинские рудники. В январе 1872 года его перевели на поселение в иркутский Вилюйск. К этому времени вся Россия уже прочитала его знаменитый роман «Что делать?», в котором Чернышевский призывал к борьбе за справедливый общественный строй весь мир появившихся новых людей:
«Только с равным себе вполне свободен человек. Если ты хочешь одним словом выразить, что такое я, это слово – равноправность. Из него, из равенства, и свобода во мне, без которой нет меня. Но теперь царство мое еще мало, я еще должна беречь своих от клеветы не знающих меня, я еще не могу высказывать всю мою волю всем. Я скажу ее всем, когда мое царство будет над всеми людьми, когда все люди будут прекрасны телом и чисты сердцем, тогда я открою им всю мою красоту.
Ты знаешь будущее. Оно светло, оно прекрасно. Любите его, стремитесь к нему, работайте для него, приближайте его, переносите из него в настоящее, сколько можете перенести. Стремитесь к нему, работайте для него. Настолько будет светла и добра, богата радостью и наслаждением ваша жизнь, насколько вы умеете перенести в нее из будущего».
В начале 1863 года Польша, находившаяся в составе России, потребовала восстановления государственной независимости и восстановления старых границ. К лету 1864 года восстание было подавлено «твердо, беспощадно и жестоко». Царство Польское было переименовано в Привисленский край, лишенный самоуправления. В Польше была введена общерусская администрация с делопроизводством на русском языке и со всеми своими вопиющими недостатками, главным из которых было презрение к чувству человеческого достоинства. Учение в школах шло на русском языке. Через три года один из поляков попробовал застрелить российского императора во время его официального визита в Париже, но пуля попала в лошадь. Это уже было не первое покушение на Александра II. Новые люди вышли на общественную арену.