До 13 июня 1945 года люди, под командованием вице-адмирала Ота Минору, продолжали обороняться, скрываясь вместе с ним в Томигусуку в глубоких подземных помещениях штаба флота (кайгун сирэй буго), вырубленных кирками вручную. 6 июня Ота направил первому заместителю министра военно-морского флота империи телеграмму, в которой сообщал о безнадежной военной ситуации и приносил глубочайшие извинения императору за то, что не смог выполнить свой долг по защите Японии. Адмирал в телеграмме выразил соболезнование родственникам своих подчиненных, погибших при исполнении обязанностей военной службы. От имени главы префектуры Окинава, не имевшего возможности передать что-либо в центр, Ота рассказал токийскому начальству, как сражались окинавцы, прося его учесть вклад простых людей, старых и молодых, мужчин и женщин, в дело обороны острова. После завершающего боя, в котором японцы воевали против американских морских пехотинцев почти голыми руками — копьями и привязанными к палкам штыками, Ота со многими своими подчиненными пошел по пути «славной смерти» — в конце дня 13 июня в подземном бункере совершил самоубийство. Военнослужащие разведывательной службы 6-й дивизии морской пехоты США насчитали в комнатах и туннелях японского штаба 175 тел офицеров и рядовых, убивших себя. Общее число японцев военно-морской базы, погибших в это время в сражениях, достигло четырех тысяч человек.
Аналогичное прощальное сообщение в Токио было отправлено командующим 32-й армией генерал-лейтенантом Усидзима Мицуру Он просил прощения у императора и народа Японии за невозможность выполнить возложенную на него задачу по сокрушению дерзкого противника и благодарил местное население за помощь армии в строительстве оборонительных сооружений. После этого связь прервалась. Несколько дней спустя, вслед за Ота, сразу же после окончательного прекращения боевых действий сухопутными силами японской армии, в своей ставке, в пещере холма Мабуни, Усидзима и начальник его штаба генерал-лейтенант Те Исаму прибегли к обряду вскрытия живота. Обряд харакири был совершен у выхода из пещеры на белых подстилках. Генералы вскрыли брюшную полость самурайскими мечами, повернувшись лицами в сторону Японии и императорского дворца. Остальные 7 человек штаба застрелились. В прощальной поэтической приписке к радиограмме Усидзима говорилось, что несмотря на сломанное оружие и кровь защитников, обагрившую землю, их дух не сломлен. В стихах были такие строки:
Потери среди высшего командования понесли и американцы. 18 июня в бою на вершине холма Маэдзато был убит командующий 10-й американской армией генерал-лейтенант С.Б. Бакнер-младший.
Ожесточенная битва за Окинаву, ускорившая военный крах Японии и продолжавшаяся 82 дня, унесла жизни около 14 тысяч американцев. 37 тысяч американских военнослужащих были ранены (по другим сведениям, потери убитыми составили около 7 тысяч и раненными 31 тысяча человек). Союзники потеряли в боях на море от камикадзе и обычных авиационных атак 30 кораблей разных классов. 368 других плавсредств были в разной степени повреждены. Погибли фактически все оборонявшие Окинаву японские силы — 110 тысяч солдат и офицеров. Согласно данным администрации префектуры Окинава, в результате боевых действий на острове совокупные потери в людях с обеих сторон превысили 200 тысяч человек. На памятных плитах Парка мира (Хэйва кинэн коэн), разбитого в районе Мабуни города Итомана, первоначально были обозначены имена 239801 человека, включая японцев, американцев, британцев, корейцев и тайваньцев. Ежегодно список погибших пополняется выявленными вновь именами. В 2004 году он увеличился на 720 имен, в последующие годы еще пополнился. По сведениям Окинавского префектурального музея, людские потери на Окинаве, особенно среди гражданского населения, были намного больше. Почти каждая окинавская семья потеряла кого-то из своих членов. Во время войны погиб каждый из четырех окинавцев. Вместе с людьми, умершими непосредственно перед американским вторжением и сразу же после войны от голода и малярии, они составили, как сообщал Осиро Масаясу 600 тысяч человек.