И вторая неудача покорения Японии не обескуражила Хубилая. Людей, в подвластных монголам Китае и Корее, было много. Их жизни для верховного правителя Монголии и китайского императора ценности не представляли, впрочем, как и жизни монголов. Поэтому Хубилай не отказался от своих планов относительно Японии и начал готовить третий завоевательный поход.
Новое вторжение было запланировано на 1286 год. Ряд обстоятельств воспрепятствовал этой экспедиции. У монголов были проблемы и с другими территориями, завоеванными и еще не завоеванными. Неприятности были и у самого Хубилая. В год гибели монгольского флота у берегов Японии умерла любимая жена хана, а в год, на который была назначена третья экспедиция в Японию — любимый сын, наследник престола. Здоровье Хубилая начало ухудшаться, и в 1294 году Хубилай умер, так и не победив Японии и не реализовав свою мечту об империи, простирающейся и за морем.
Со смертью Хубилая закончилась эпоха великих монгольских ханов. Все последующие правители Монголии и Китая были менее значительными и масштабными фигурами и таких титулов уже не имели. В 1368 году монгольские феодалы вместе с последним императором империи Юань — Тогон Тэмуром были изгнаны из Китая, их власть была сброшена народными восстаниями. Юаньская династия монголов не просуществовала и столетия. Во второй половине XIV века монгольское господство пало в Иране, Закавказье, затем в Средней Азии и на Руси. Роскошь и развращенность монгольской верхушки, сытая жизнь большинства среднего и низшего звена монгольской армии снижали ее боевую способность. Монголы уже не могли сражаться так, как раньше. В конце XVI века они сами пострадали от маньчжурской экспансии. Окончательно закатилась звезда некогда могущественнейшей империи в 1758 году, когда войска маньчжурских феодалов уничтожили монгольское ойратское государство, истребив более полумиллиона монголов. Монгольскую феодальную империю постигла та же участь, что и все империи мира.
После неудавшегося вторжения монгольский флот ушел от берегов Японии. Однако бдительности японцы не теряли. Западное побережье Кюсю оставалось в постоянной военной готовности практически до конца XIII столетия. Оборонительные сооружения содержались в полном порядке, войска были готовы к боевым действиям. Для улучшения контроля над военным положением на острове Кюсю и юго-западе Хонсю сёгунат назначил специальных полномочных представителей — тиндзэй тандай. Наиболее важные посты, координирующие усилия по безопасности и обороне, регенты Ходзё сконцентрировали в своих руках. Чиновники сёгуната должны были решать всевозможные вопросы, которые возникали между сёгунскими вассалами на Кюсю, выступать в качестве руководителей войсками в случае вторжения.
Удачная оборона Кюсю и отражение внешней опасности на некоторое время повысили престиж регентов Ходзё, особенно Ходзё Токимунэ. Его превозносили при жизни, он занял очень высокое место среди всех исторических личностей Японии всех времен. В 37-м году эпохи Мэйдзи (1904 год), длившейся с 1867 по 1912 годы, в словаре выдающихся людей японского государства Токимунэ посмертно удостоился первого места. После отражения монгольского нашествия Токимунэ прожил недолго. В возрасте 34 лет он скончался в уединенном жилище монаха в буддийском храме Энгакудзи, который был построен по его повелению в 1282 году.
Благодаря событиям 1274 и 1281 годов Япония сохранила свои культурные ценности и традиционный образ жизни, десятки и сотни тысяч человеческих жизней. Однако война с монголами потребовала огромного напряжения сил и обернулась для страны страшным экономическим истощением. Вассалы вынуждены были нести службу за свой счет. Подавляющее большинство воинов не получили ни земли, ни других вознаграждений за все свои усилия и пролитую кровь, хотя они и требовали наград. Но взять новые земли и владения для отличившихся самураев было негде. Японское духовенство после гибели флота вторжения приписало заслугу монгольской катастрофы себе. Синтоистские и буддийские священники тоже просили наград за вызов божественного ветра. Позиции Синто после провала вторжения монголов усилились настолько, что эта древняя религия оказалась с буддизмом почти в равном положении.
Монгольское нашествие, заставившее мобилизовать все внутренние силы страны, ухудшило материальное положение и крестьянства, которое должно было вносить большую часть производимого продукта на нужды войны, и создало предпосылки для кризиса мелкопоместного хозяйства. В это время появилась тенденция к распаду системы сёэн (средних и мелких феодальных хозяйств) и образованию новых крупных земельных поместий, в которых искали покровительства многочисленные самураи, окончательно оторванные от сельского хозяйства. Доверие к сёгунату среди военного сословия начало постепенно падать, а внутренние противоречия усиливаться. В конечном итоге монгольское вторжение оказало довольно существенную роль в падении камакурского сёгуната в первой половине XIV века.