Японии удалось использовать противоречия Российской империи с западноевропейскими странами. В это время Россия пыталась преодолеть международную изоляцию и отменить унизительные условия Парижского мира, подписанного в 1856 году, в соответствии с которым она потеряла Южную Бессарабию, получила запрет иметь военный флот, крепости и арсеналы на Черном море и не имела права выходить за пределы Черного моря через проливы. Кроме того, опять начало расти напряжение на Балканах. Причиной было освободительное движение балканских народов против ига Османской Турции и борьба европейских государств за влияние в регионе. Россия также преследовала цель усиления своих позиций на полуострове. Балканский кризис и приближающаяся русско-турецкая война 1877–1878 годов отодвинули на задний план все другие государственные проблемы, в том числе и дальневосточную территориальную.
Россия поддалась нажиму Японии и 7 мая 1875 года в Санкт-Петербурге подписала навязанный ей Договор об обмене территориями (японское название «Карафуто-Тисима кокан дзёяку» — «Договор об обмене Сахалина на Курильские острова»), по которому центральные и северные Курилы переходили к японскому государству «в обмен» на южную часть Сахалина, где преобладало русское население. С российской стороны договор подписал А.М. Горчаков, с японской стороны — Эномото Такэаки.
Россия практически обменивала одну свою территорию на другую свою же. Такой обмен для Японии не был выгодным не только из-за удачного географического расположения Сахалина, но и потому, что там были открыты месторождения угля, а позднее и нефти. В планы Японии не входило ухудшение отношений с Россией. Поэтому от замыслов овладеть всем Сахалином, разделить его между двумя странами или купить пришлось временно отказаться.
В 1870–1880-х годах между Россией и Японией отношения были вполне удовлетворительными. Исключение составляли нападение в 1890 году на посланника России в Токио и неприятный инцидент в городе Оцу, префектуры Сига (Оцу дзикэн), который произошел 11 мая 1891 года во время путешествия по Японии цесаревича Николая, впоследствии императора России Николая II (1868–1918). На одной из улиц города на Николая внезапно напал и легко ранил мечом в голову «патриотически» настроенный полицейский эскорта, выходец из самурайской семьи, Цуда Сандзо. В атмосфере антииностранных настроений, культивировавшихся в стране длительное время, и недовольства чужеземцами в послереформенное время такие нападения на иностранцев, в том числе и высокопоставленных, были в Японии не редкостью.
От присоединения Курильских островов к Японии больше всех пострадали северокурильские айны. Их судьба была поистине трагической. Айнам не помогло то, что они в страхе перед японцами бежали с одного острова на другой, на север архипелага. Японцы решили переселить тяготевшее к русским коренное айнское население на юг, дабы избежать в будущем каких-либо эксцессов. Предлогом для переселения обрусевших аборигенных жителей, более 150 лет контактировавших с русскими, была забота о них. В 1884 году японцы с помощью военно-морских транспортных средств насильственно перевезли последнюю группу аборигенов с севера на остров Шикотан (Сикотан) в специально подготовленный поселок лагерного типа, лишив тем самым курильцев родины. Жизнь аборигенов находилась под постоянным присмотром японцев, даже во время охоты, рыболовства и собирательства. Как и айнам Хоккайдо, коренным жителям Курил запретили делать пиктографические изображения и пользоваться традиционными способами добычи зверя с применением отравленных стрел, что практиковалось ими тысячелетиями. Малочисленность популяции морского зверя, составлявшего основу существования айнов, недостаточное количество рыбы и другой пищи, плохая одежда и жилищные условия, отсутствие элементарной медицинской помощи и болезни привели к почти полной гибели аборигенов Курил на этом острове. Оставшиеся северокурильцы позднее были переселены японцами на Хоккайдо. В 1941 году там умер последний курильский айн.