В 1900 году Россия еще раз сумела воспользоваться ситуацией на Дальнем Востоке для усиления своих позиций во время Ихэтуаньского восстания на севере Китая, начавшегося вследствие тяжелого экономического положения народа и иностранного засилья. Начали восстание члены секретной буддийской секты Белого лотоса, занимавшиеся китайским боксом (поэтому восстание иногда называют Боксерским, по-японски Гивадан-но ран или Хокусин дзихэн), магией и военными искусствами. Буддисты восстали против христианских миссионеров, иностранцев вообще и цинских чиновников. Впоследствии к восстанию присоединились крестьяне, и оно приобрело широкие масштабы. В ходе волнений восставшие разрушили пути Восточно-Китайской железной дороги и убили часть русского персонала этой дороги и членов их семей. В ответ правительство России ввело в Маньчжурию большую группу войск. То же самое сделали ведущие страны Европы — Великобритания, Франция, Германия, Австро-Венгрия, Италия, а также США и Япония. Японский контингент составлял половину экспедиционных сил восьми стран-интервентов — 45 тысяч человек. Выступление китайцев было подавлено. После заключения в 1902 году англо-японского альянса (Нитиэй домэй), просуществовавшего до 1923 года, Россия обещала вывести армейские подразделения из Северного Китая, но не сделала этого, что способствовало резкому ухудшению отношений между Россией и Японией.
Япония строила планы своего укрепления в Монголии и на Тайване, но прежде всего ей необходимо было вытеснить Россию из Кореи и Маньчжурии и вернуть завоеванные в ходе японско-китайской войны земли в Китае. Японцы горели желанием осуществить это как можно скорее. Стратегические планы японского командования кроме возвращения Порт-Артура и занятия Маньчжурии при благоприятном развитии ситуации предусматривали захват Уссурийского края и Приморья. Правительству помогала мощная волна национализма, поднявшаяся в стране с появлением российских баз на Ляодуне.
В России на конфронтацию с Японией шли так же легко, так как империя российского царя в экономическом и военном отношениях была действительно сильнее дальневосточного соседа. Но государственные умы России забывали, что промышленный центр страны удален от Дальнего Востока на огромное расстояние, и Япония с каждым днем становилась все более серьезным военным противником. Российское военное командование проявляло преступную беспечность, не осуществляя надлежащих мер по подготовке инженерных оборонительных сооружений русской армии на случай возможного нападения.
К атаке японцев не были подготовлены военно-морские силы, базировавшиеся па Дальнем Востоке. В случае наступления японцев русский штаб планировал сдерживать их войска до подхода основных сил из центральных районов России и затем сбросить неприятеля в море. На завершающей стадии кампании на Дальнем Востоке русские должны были высадиться на Японские острова. Правительству России нужна была, как тогда говорили в верхах, «маленькая победоносная война», которая приостановила бы недовольство масс, нараставшее вследствие нищеты народа, капиталистической эксплуатации, отсутствия демократических свобод. Наиболее активно на войну с Японией подталкивала Россию авантюристическая группа лиц, образовавшаяся при дворе российского императора во главе с А.М. Безобразовым («безобразовская клика»). Клика, состоявшая из крупных помещиков и финансовых дельцов, имевших свои интересы в Маньчжурии, требовала долговременного пребывания российских войск в регионе и дальнейшего проникновения в пределы Китая и Кореи.
В деле подготовки к войне Японию в военном и экономическом отношении поддерживали Англия и Соединенные Штаты Америки, которым выгодно было натравить одну державу на другую и ослабить их обеих, чтобы усилить свои позиции на Дальнем Востоке. Франция и Германия в назревавшем конфликте придерживались нейтралитета. Перед лицом войны Россия опять оказывалась, по сути, в международной изоляции.
С конца XIX века Япония начала готовиться к военным действиям в регионе. Она активизировала разведывательные действия в Маньчжурии, Корее, а также на Сахалине. Кроме Сахалина, Япония имела виды и на другие российские территории, а именно на Приморье, Камчатку и Командорские острова, где в конце XIX века еще проживали немногочисленные представители айнской общности.