Ришелье серьезно отнесся к этому назначению, как серьезно воспринимал и свои епископские обязанности в Люсоне. Хотя этот коллеж был лишь основным местом собраний преподавателей факультета теологии Парижского университета, название «Сорбонна» стало обозначать не только этот коллеж, но и весь факультет. Должность
Как в «Основах вероучения…» Ришелье проводил четкое различие между свободой совести и гражданским инакомыслием, так и в деятельности, связанной с Сорбонной, он был чуток к отличиям между своим кардинальским авторитетом, который не подразумевал никакой церковной юрисдикции, и гражданской властью министра. Он был осторожен, выбирая, к компетенции какой из двух властей — духовной или светской — относится то или иное дело и как его следует подать.
С самого начала Ришелье понимал, что религиозный раздор — в такой же мере социальный и политический вопрос, в какой и догматический, поскольку галликанизм вызывал как богословские, так и внутриполитические проблемы. Неукоснительное соблюдение Ришелье различий между двумя верховными властями — духовной и светской — и его умение использовать это в интересах созидания единой нации были в числе основ его политического успеха.
Когда, например, иезуит Сантерелли был осужден парламентом за утверждение о том, что папа наделен божественной властью, дающей ему право низлагать земных правителей, Ришелье принял сторону парламента. Земная власть непосредственно дается Богом через помазание при совершении обряда, в некоторых аспектах почти неотличимого от рукоположения. С другой стороны, Ришелье защищал доминиканца Жана Тестефора, осужденного факультетом теологии в 1626 г. за то, что тот признавал за папским
В случае с галликанскими взглядами профессора факультета Эдмона Рише Ришелье принял сторону папы. При поддержке парламента, испытывающего ужас от любой доктрины главенства церкви, которая могла бы привести к оправданию таких преступлений, как убийство Генриха IV, Рише опубликовал в 1612 г. «Книгу о церковной и политической власти»
Ришелье, сам в 1625 г. подвергавшийся резкой критике за антигабсбургскую политику и союзы с протестантами в политических целях, ответил тем, что добился от совета 7 ноября 1626 г. декрета, отменяющего постановление парламента от 24 июля и позволяющего докторам богословия, имеющим духовный сан, участвовать в выборах на факультете. Поскольку они были ярыми сторонниками папы, Ришелье удалось получить от Рише 27 декабря нечто равноценное отречению; тот сказал, что и в мыслях никогда не имел оспаривать власть папы. Это опять-таки характерно для Ришелье — твердо разделять в уме вопросы духовной власти, в которых он позиционировал себя на стороне папы, и цели реальной, жизни, которые делали союзы с протестантами за пределами Франции необходимыми для защиты французских интересов на чисто мирском политическом уровне. Еще в 1625 г. он добился осуждения факультетом памфлета, обрушивающегося на эти альянсы как на предательские по отношению к церкви.