Должны быть одновременно рассмотрены объединенные причинно-следственной связью сюжеты и вопросы: подписание советско-германских договоров от 1939 г. и секретных приложений к ним, причины расстрела поляков, доказанность совершения органами НКВД СССР преступлений, предусмотренных статьей 6 Устава МВТ в Нюрнберге, деятельность Специальной комиссии под руководством Бурденко, советской делегации на заседаниях МВТ в Нюрнберге и отношение к сформированной ими официальной позиции СССР. По таким вопросам ответственно и весомо может высказаться Государственная дума РФ, дав надлежащую политико-правовую и морально-политическую оценку действиям как организаторов этих злодеяний, так и исполнителей явно незаконных приказов. Следует констатировать, что было невозможно дать адекватную правовую оценку в пределах действовавших УК РФ и УПК РСФСР и принять акт реабилитации пострадавших как жертв геноцида в рамках прокуратуры или суда РФ. Новая Конституция РФ (статья 104) не предусматривает за прокуратурой права законодательной инициативы.
Предпринимались шаги по использованию прерогатив исполнительной власти, было предпринято обращение к правомочиям и законодательной инициативе Президента РФ. 18 января 1995 г. полномочный представитель Президента РФ в Федеральном собрании профессор А.М. Яковлев и эксперт ГВП профессор И.С. Яжборовская обратились с докладной запиской «К вопросу о завершении Катынского дела» к руководителю аппарата Президента РФ С.А. Филатову. В ней, в частности, констатировалось: «И заключение экспертов, и постановление прокурора основывались на нормах как внутреннего, так и международного права. Российское внутреннее законодательство, декларируя примат международного права, в ряде случаев не располагает механизмами, переводящими его на конкретно-правовой язык, не предусматривает правовой квалификации и санкции за массовые репрессии, убийства военнопленных, геноцид и т.д. Но только такого рода квалификация могла бы адекватно отразить уголовно наказуемые деяния такого рода наряду с персональной ответственностью Сталина и других членов сталинского руководства, как расстрел без суда и следствия, на основе постановления Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. около 22 тысяч польских граждан».
Далее в докладной записке излагалось следующее: «Во время Нюрнбергского процесса советское обвинение квалифицировало Катынское дело на основе международного права по статье 6 Устава МВТ (преступления против мира, человечества, военные преступления). Вина гитлеровского руководства по этому делу доказана не была. Однако квалификация вполне соответствует характеру преступления.
Вынесенное с учетом норм международного права постановление о прекращении уголовного дела за смертью виновных (13 июля 1994 г.) признает Сталина и приближенных к нему членов Политбюро ЦК ВКП(б), руководителей НКВД/НКГБ/МГБ СССР и исполнителей расстрелов на местах виновными в совершении преступлений, предусмотренных статьей 6 пунктами „а“, „б“, „в“ Устава МВТ в Нюрнберге, — преступлений против мира, человечества, военных преступлений и геноцида польских граждан. В постановлении также решался вопрос об ответственности исполнителей явно незаконных приказов о расстреле поляков. В отношении ряда категорий лиц дело прекращалось в связи с истечением сроков давности, за отсутствием в действиях состава преступления, за недоказанностью вины и т.д.». В докладной записке в связи с отменой этого постановления указывалось: позиция ГВП в значительной мере вытекала из того, что она ограничивала квалификацию совершенных преступлений рамками действовавшего в то время УК с признанием вины только членов сталинского Политбюро и лишь в превышении власти, что неадекватно содеянному. Между тем правомочия всевластного сталинского руководства нигде не были определены и нельзя говорить об их превышении. Подобная квалификация не является соразмерной характеру и тяжести преступления — тайных массовых убийств военнопленных и геноцида польских граждан.
Авторы записки подчеркивали, что Катынское дело до завершения невозможно довести только правовыми методами. Связанный с этим делом комплекс политических и нравственных вопросов вообще не может быть решен юридическими средствами. Оценка действий сталинского руководства, сталинской внешней политики не может быть сведена только лишь к персональной уголовной ответственности и исчерпываться их юридической квалификацией. Эта оценка должна даваться в контексте квалификации секретных дополнительных протоколов к советско-германским договорам 1939 г. и их логического следствия — катынского преступления. Необходима более широкая политическая постановка этого дела на базе международного права, позволяющая дать его официальную трактовку — обоснованное государственными интересами России нравственное осуждение политически признаваемого факта преступления, решительное отмежевание от преступных сталинских деформаций советской внешней политики и методов массовых репрессий, в том числе фактов геноцида в отношении польского народа.