В самом конце ноября 1773 года генерал-аншефу А.И. Бибикову императрицей были даны самые широкие полномочия в целях подавления восстания Пугачева. В частности, новому командующему было поручено проведение следствия в отношении мятежников, которое возлагалось на Секретную (следственную) комиссию, располагавшуюся в Казани. В состав комиссии Александр Ильич имел право взять двух гвардейских офицеров.
Державин, узнав об открывшейся возможности проявить себя на службе, без всякого знакомства и протекции явился к генерал-аншефу и смог, не без труда, добиться назначения в комиссию. Еще в Петербурге, до отъезда в Казань, Державину становится известно о замысле некоторых солдат Владимирского гренадерского полка при первом удобном случае сдаться бунтовщикам. Об этом незамедлительно было доложено Бибикову, а сведения о злоумышленниках впоследствии нашли свое подтверждение.
Прибыв в Казань, Державин начал собирать информацию от приезжих крестьян о настроениях окрестного населения и о передвижениях бунтовщиков.
В конце декабря 1773 года Державин получил задание от Бибикова отправиться в Самару для проведения следствия и контроля за состоянием войск. После освобождения города от бунтовщиков необходимо было выявить всех виновных в его сдаче и отправить их в Казань, а менее значительных пособников просто наказать плетьми.
В своем докладе от 5 января 1774 года Державин сообщил генералу Бибикову, что войска находятся в хорошем состоянии, офицеры добросовестно выполняют свои обязанности, а от местных властей получен список пособников, включая священнослужителей. Державин предложил отправить в Казань наиболее активных бунтовщиков, поскольку, по его мнению, их наказание только плетьми перед жителями Самары было недостаточным.
Неизвестный художник. Портрет Гавриила Державина. 1860-е
Распоряжения Державина были одобрены генералом Бибиковым, и вскоре он уже принимал участие в походе на Алексеевскую крепость, где для устрашения местного населения приказал наказывать плетьми отставных гвардейских солдат, поддержавших бунтовщиков. Вернувшись в Самару, Державин активно работал, продолжая следственные действия и составляя алфавитный список главных сообщников Пугачева, а также готовя отчет о мерах правительственных сил по подавлению бунта.
Державин, проявляя инициативу и активность, завоевал расположение А.И. Бибикова и активно участвовал в работе Секретной комиссии. Однако смерть генерал-аншефа Бибикова в апреле 1774 года и назначение графа П.И. Панина на пост главнокомандующего усложнили его положение. Зато он сблизился с генерал-поручиком князем П.М. Голициным и новым главой Секретной комиссии графом П.С. Потемкиным.
Стечение обстоятельств сделало графа Панина могущественным врагом Державина. Что же произошло? Граф П.С. Потемкин любил Державина, а императрица, поручив Панину усмирение мятежа, не подчинила ему Потемкина, который продолжал по-прежнему посылать свои донесения прямо ей. Это «поселило неудовольствие» между двумя генералами. При этом граф Панин не мог не знать об отношении Потемкина к Державину. Соответственно, «неудовольствие» распространилось и на Гавриила Романовича.
Державин был сторонником самых суровых мер. По его словам, настроение населения было в неопределенном состоянии, и он не мог гарантировать верность жителей в случае появления повстанцев. Он так и писал: «Нет надежды никак за верность жителей поручиться. По народным слухам вижу, что всякий ждет уповаемого им Петра Федоровича [т. е. Пугачева. –
В своих донесениях Державин постоянно поднимал тему злодеяний бунтовщиков.