Достигнув подросткового возраста, аль-Хаким организовал дворцовый переворот, давший ему реальную власть, и покарал всех, кто «мыслил о нем злое». Одной из первых жертв переворота стал зловредный визирь Барджаван, заколотый кинжалом в халифском саду. Дошедшие до нас сведения о дальнейших годах правления аль-Хакима кажутся во многом сомнительными и недостоверными, хотя известно, что он стал фигурой, сыгравшей важную роль в развития измаилизма. Новый фатимидский халиф представлялся современникам мрачной и зловещей личностью. Он нажил себе множество врагов и фактически предрешил своей судьбой и своим поведением грядущее неизбежное падение Фатимидской династии. После ее свержения, многие успехи и достижения Фатимидов стали сознательно замалчиваться, история их правления – переписываться. Большинство дошедших до нас сведений о Фатимидах были сообщены потомству историками, откровенно враждебными Фатимидам и вообще измаилитам. В особенности это относится к фигуре аль-Хакима, ошельмованного своими недоброжелателями как «безумец на престоле». Большинство из того, что нам известно об аль-Хакиме, вышло из-под пера представителей религиозных кругов, негативно, а то и с откровенной, неприкрытой ненавистью относившихся к нему и ко всему, что он делал и во что верил. Поэтому необходимо с крайней осторожностью относиться к тому, что было написано о «безумном халифе» представителями этих непримиримых в своей ненависти к нему и к его памяти кругов.
С учетом всех этих оговорок, аль-Хаким, невзирая на возведенные на него ненавистниками наветы, представляется, несомненно, неординарной личностью с сильным характером. Стремясь компенсировать ущерб, причиненный, по мнению молодого халифа, истинной вере и единству «уммы» его чрезмерно «либеральным» отцом, аль-Хаким явно «перегнул палку» своей религиозной политики в противоположном направлении. Христиане и другие «гяуры»-иноверцы были подвергнуты унизительным ограничениям (хотя одной из характерных особенностей «безумного халифа» стало периодическое чередование периодов гонений на инаковерующих с периодами проявления к «кафирам» относительной терпимости). Желая повсеместно внедрить принципы строгой исламской морали, Хаким, если верить некоторым источникам, якобы, переодевшись нищим, бродил ночами по улицам столицы Миера, подслушивая разговоры своих подданных, чтобы уличить их в несогласии с данными им установками и в нарушении таковых (впрочем, подобное поведение приписывали еще аббасидскому халифу Харуну ар-Рашиду – другу правителя франков Карла Великого, а до него – древним римским императорам Гаю Калигуле и Клавдию Нерону). Уличенных в нарушении установленных халифом правил праведной и благочестивой жизни (особенно женщин нескромного поведения) ожидали суровые кары. Запрещалось пить вино, уничтожались виноградники. Все чаще заключались под стражу и предавались жестоким казням признанные виновными в «неблагочестии» представители высшего сословия. Постепенно весь Миер погрузился во мрак государственного террора.
Наведя, по его мнению, порядок среди своих подданных-мусульман, аль-Хаким в 1009 году взялся за христиан. И совершил нечто, воспринятое всеми христианами как крайняя степень кощунства и нечестия, обрушив свой гнев на главную святыню Иерусалима – Храм Святого Живоносного Гроба Господня, возведенный на месте упокоения Иисуса Христа и потому почитаемый всем Христианским миром. Стремясь продемонстрировать всему свету неоспоримое превосходство ислама над верой «назареев», аль-Хаким повелел снести церковь Гроба Господня до основания. Христианский мир был вне себя от возмущения и праведного гнева. В предшествующие годы Ромейской Василии удалось установить с Фатимидским халифатом хорошие отношения, но с осквернением Гроба Господня аль-Хакимом ситуация резко ухудшилась. Отношения между двумя державами стали более чем прохладными. В результате аль-Хаким оказался вынужденным умерить свой религиозный пыл. Однако в период его правления произошли и иные события, приведшие на этот раз к очередному разделению измаилитского движения. В 1017 году группа неких старцев-шейхов – людей святой жизни – прибыла в Миер из Ливана. В своих проповедях эти люди заявляли, что аль-Хаким – не просто святой человек, как они, но и поистине божественная личность. Подобные заявления представлялись многим подданным аль-Хакима кощунственными. И, хотя «безумный халиф» никогда не выражал публично свое согласие с проповедуемым пришельцами в Миер из Ливана явно еретическим учением, включая утверждение о его, халифа, божественности, сам факт подобной проповеди, вероятно, не мог не возмутить, по крайней мере, часть подданных аль-Хакима.