В 1369 г. Тимур в качестве верноподанного амира Хусайна усмирял восстание Кайхусрау и заставил его бежать на Алай; в 1370 г. Кайхусрау присоединился к Тимуру, восставшему против Хусайна, и после взятия Хусайна в плен получил возможность применить к нему признанный Кораном закон кровомщения (кисас); в 1372 г., во время войны с хорезмийцами, Кайхусрау был обвинен в измене и предан казни, на основании ярлыка, изданного подставным ханом Суюргатмышем; приговор был выполнен, на основании кисаса, нукерами Хусайна.
В 1370 г., в разгар борьбы с Хусайном, Тимур приобрел нового духовного покровителя, сайида Береке; о его происхождении приводятся разноречивые известия. Сайид остался в государстве Тимура и получил в удел город Андхой, остававшийся и в XV в. во власти его потомков. По словам Шереф-эд-дина, сайид после этого всегда сопровождал Тимура; после смерти они были похоронены в одном мавзолее, причем лицо Тимура было обращено в сторону сайида.
Немногим больше известно об отношении Тимура к другим представителям духовенства. В рассказе о вступлении Тимура на престол в 1370 г. вместе с сайидом Береке названы термезские сайиды, или худаванд-заде, братья Абу-л-Маали и Али-Акбар. Подобно Береке, эти сайиды оставались, по крайней мере по внешности, влиятельными лицами в государстве Тимура до конца его царствования, с той разницей, что в их жизни была минута, когда они изменяли своему новому государю.
В 1371 г. в заговоре против Тимура вместе с несколькими амирами приняли участие также некоторые представители духовенства, именно шейх Абу-л-лейс самаркандский и сайид Абу-л-Маали термезский. Тимур отнесся к заговорщикам очень снисходительно; шейх был отпущен в Мекку, сайид изгнан из государства, но, очевидно, скоро прощен, так как уже в 1372 г. принимал участие в походе на Хорезм. После этого термезские сайиды оставались верными приверженцами Тимура, и в 1404 г., на обратном пути из своего последнего похода на запад, Тимур останавливался в Термезе в доме худаванд-заде Ала ал-мулька.
Кроме Термеза, влиятельные представители духовенства были, конечно, и в других городах Мавераннахра, из которых для Тимура имели особенное значение его родной Кеш и его столица Самарканд. В рассказе о прибытии к Тимуру в Карабаг зимой 1403–1404 гг. представителей духовенства после сайида Береке и термезских худаванд-заде отдельно названы только самаркандские шейх ал-исламы ходжа Абд ал-Эввель и его двоюродный племянник ходжа Исам ад-дин, кешский ходжа Афзаль и сыновья кешского шейх-ислама Абд ал-Хамид и Абд ар-Рахман; говорится о присутствии бухарских шейхов, но при этом не называется ни одно отдельное имя.
Несмотря на то что современником Тимура был знаменитый Беха ад-дин, основатель ордена накшбендиев, источники вообще ничего не говорят о каких-либо связях между двором Тимура и шейхами Бухары. Самаркандский шейх ал-ислам Абд ал-Мелик (двоюродный брат и предшественник Абд ал-Эввеля) упоминается и в рассказе о событиях 1383 г., когда он вместе с другими представителями религии старался утешить Тимура, слишком предававшегося горю после смерти своей сестры Кутлуг-Туркан-ага.
Не совсем обычная встреча была оказана Тимуру представителями духовенства в Хорасане в 1381 г. Еще в Андхуде юродивый Баба-Сенгу, считавшийся святым, бросил перед Тимуром кусок мяса от груди животного; Тимур объявил, что считает это благоприятным предзнаменованием и что Бог, очевидно, предает в его руки Хорасан, «грудь земной поверхности».
На Герируде, в местности к югу от нынешнего Кухсана, в селении Тайабад жил подвижник Зейн ад-дин Абу Бекр Тайабади; Тимур, прибыв туда, велел передать подвижнику, что хочет его видеть; подвижник объявил, что у него до Тимура дела нет; если у Тимура есть дело до него, пусть придет сам. Встреча произошла; Тимур потом сам рассказывал историку Хафиз-и Абру, что во всех других случаях он при свидании с отшельниками замечал в них признаки страха, только при свидании с Тайабади страх испытывал не отшельник, а сам Тимур.
Ибн Арабшах, посвящающий этому свиданию особую главу, рассказывает, что шейх положил руки на спину Тимура, преклонившего перед ним колени; Тимуру, как он потом рассказывал, показалось, что небо упало на землю и что он придавлен между ними. Выслушав наставления шейха, Тимур спросил, зачем он не наставлял таким же образом своего государя, гератского князя, предававшегося запрещенным удовольствиям.