Когда безумие заканчивается, Кодзима возвращается к спокойному и задумчивому тону. Снейк помогает полному старику устроиться у стены, а тот догадывается, что послал к нему Снейка некто «Джим» из Пентагона. Снейк же хочет знать, выдал ли Бейкер террористам коды к запуску боеголовок. Да – но не из-за экстрасенсорного воздействия. Дело в том, что в DARPA сотрудникам с высоким уровнем доступа ставят специальные импланты, подавляющие психическую интерференцию, так что, чтобы выбить из него коды, террористам пришлось прибегнуть к обычным пыткам. В процессе Револьвер Оцелот сломал ему руку, и со временем он раскололся. Снейк рассказывает, что из Андерсона коды извлекли экстрасенсорно и что он умер от инфаркта, когда его попытались спасти. Бейкер отвечает, что только дурак мог поверить в инфаркт, и вне себя от информации о предательстве. Он видит, что в истории Снейка не все сходится, и начинает бить его тростью по ноге. «Знаешь, а-а-а ведь ты не это мне обещал, Джим! Ты хочешь меня заткнуть!» Снейк успокаивает его, заверяя, что пришел его спасти.
Когда он спрашивает о ключах, позволяющих остановить запуск, Бейкер отвечает, что отдал «ключ» (один? хм…) недавно появившейся здесь женщине-солдату, которая попала в тюрьму, потому что не присоединилась к бунту. Снейк уже сложил два и два и понял, что это Мэрил, племянница Кэмпбелла, но теперь неясно, как ее найти. Бейкер знал частоту ее «Кодека», но уже забыл – помнит только, что она записана «на обороте CD». Еще он советует найти Хэла Эммериха, инженера «Метал гира REX», который знает, как уничтожить робота, если это потребуется.
Потом Кодзима погружается в геополитику: герои обсуждают то, какую роль орудие вроде «Метал гира» играет в постъядерном мире и как холодная война повлияла на черные рынки, в том числе ядерных материалов. Пентагону нужно было оружие столь мощное, чтобы никто не осмелился противостоять им в эту хаотическую эпоху, так что ArmsTech, используя тайный черный бюджет министерства обороны, сделали им REX. Никакого внимания обеспокоенных политических группировок – и куча денег на взятки, благодаря которым официальные лица не лезли в эти разработки. История скандальная и коррупционная – неудивительно, что Бейкер ждал ассасина от Пентагона.
Остался лишь один вопрос. Бейкер дает Снейку CD, где содержатся данные исследований, связанных с «учениями», в которых участвовал REX. Снейк в недоумении; Бейкер велит ему не изображать дурачка – он, мол, понимает, что именно за этим диском Джим своего агента и прислал. Тут очень много намеков на дальнейшие события, так что трудно даже понять, что из них самое важное. Снейк берет диск и спрашивает о странном невидимом ниндзя. Бейкер отвечает, что это «маленький грязный секрет „Гончих“», и советует поинтересоваться подробностями у доктора Наоми Хантер, ведь она на них работала. Сам Бейкер при этом заходится кашлем и говорит с усилием, у него сломана рука, так что он явно не в состоянии следовать за Снейком по базе, но заклинает его остановить террористов, чтобы информация о REX не стала достоянием общественности и не уничтожила репутацию компании. Голос его все напряженнее, потом слышится тот же самый странный булькающий звук, которым сопровождался инфаркт Андерсона, и вдруг его прошибает судорога. У него тоже инфаркт! Едва шевеля губами, Бейкер проклинает Пентагон за то, что «они все-таки это сделали», и предупреждает Снейка, что его лишь используют, чтобы… и тишина. Он тоже мертв.
Еще один гневный звонок команде поддержки – и все те же отговорки. Никто не знает, ни почему у Бейкера случился инфаркт, ни что это был за странный ниндзя-киборг, но, несмотря на все эти опасные переменные, Снейка призывают поскорее завершить миссию. Ему нужно найти Мэрил, добыть ключи для отмены запуска боеголовок и выйти на связь с Хэлом Эммерихом.
Когда Бейкер велел Снейку искать частоту Мэрил на обороте упаковки CD, он не имел в виду игровой объект, хотя, возможно, внутри мира игры подразумевалось именно это. Но игроку придется в прямом смысле посмотреть на оборот диска с игрой Metal Gear Solid, где есть скриншот диалога Мэрил со Снейком – там видна и частота. Внутриигровой диск от Бейкера уже у вас в инвентаре, и догадаться, чего хочет игра, становится только сложнее, ведь в ней исследовать оборот диска нельзя, но если позвонить Кэмпбеллу, он намекнет, в какую сторону думать. Эксцентричные загадки Кодзимы кому-то из игроков придутся по вкусу, а кому-то нет – в зависимости от того, настроены игроки проходить стелс-экшен или решать задачки более широкого профиля.
Позвонив Мэрил, мы начинаем очередной длинный диалог. Сперва они со Снейком пытаются угадать, кто из них кто. Осознав, что с ней говорит «легендарный Солид Снейк», Мэрил в восторге сдергивает балаклаву, и мы впервые видим ее полный портрет. Снейк отвечает любезностью на любезность и признает, что сразу понял: она не враг – потому что у нее не солдатские глаза. Ее взгляд «прекрасен и полон сочувствия».