1. Церкви так называемых «новых территорий», вошедших в состав Греческого государства после Балканских войн в начале XX в. Они по сути имеют двойное подчинение — Константинопольскому Патриархату и Элладской Церкви, что урегулировано соответствующими договоренностями, датируемыми 1928 г. К настоящему времени подчиненность этих епархий Константинополю скорее формальная. Фактически статус этих епископий почти не отличается от статуса прочих епархий Элладской Церкви. К епархиям «новых территорий» относятся следующие 36 митрополий: Кассандрийская, Солунская, Филиппская, Неокринская, Неапольская, Зинхийская, Маронийская, Александрупольская, Парамифийская, Яннинская, Гревенская, Хиосская, Никопольская, Иериссосская, Серрская, Мифимнская, Елевферупольская, Эдесская, Китрская, Дидимотихская, Митилинская, Лимнская, Гуменисская, Верийская, Дриинупольская, Ксанфская, Елассонская, Самосская, Касторийская, Сервийская, Флоринская.
2. Епархии Додеканесского архипелага, который вошел в состав Греции уже после Второй мировой войны. Среди них 4 митрополии островов: Родос; Кос; Лерос, Калимнос и Астипалеи; Карпафос и Касос.
3. Критская архиепископия, имеющая статус полуавтономной Церкви. Критская Церковь имеет свой Синод, состоящий из всех архиереев Церкви. Кроме Критской архиепископии, расположенной в столице острова Ираклионе, в Церковь входят также семь митрополий: Гортины и Аркадии, Рефимны и Авлопотама, Кидонии и Апокорона, Ламбы и Сфакии, Иерапитны и Ситии, Петры, Кисама и Седина. На Крите действуют несколько церковных учебных заведений. Официальным периодическим изданием Критской Церкви является журнал «Апостол Тит».
4. Патмосская экзархия входит в прямое подчинение Патриарха. Кроме острова Патмос, она включает ряд близлежащих островов: Липсы, Агафонисос и Аркии. Ядром экзархии является ставропигиальная обитель св. Иоанна Богослова. Патриаршим экзархом Патмоса является игумен обители архимандрит Антипа (Никитарас). В состав экзархии входит также Пещера Откровения, в которой евангелисту Иоанну Богослову ок. 95 г. было дано Откровение. На Патмосе существует также церковное училище, основанное в 1713 г. св. Макарием Калогерасом.
5. Святая гора Афон. Афонская монашеская «республика» юрисдикционно принадлежит Вселенскому Патриархату. Несмотря на это, она имеет фактически полную административную независимость от Константинопольского престола и строго хранит свою. внутреннюю самостоятельность. Патриаршую власть на Афоне представляет викарный епископ. Поскольку Святая гора входит в состав Греческой Республики, она имеет особого представителя от государства. Верховным органом самоуправления Святой горы является Священный Кинот, состоящий из представителей всех 20-ти монастырей Афона, которые каждый год избираются своими монастырями.
Теперь об административных канонических подразделениях Константинопольского Патриархата в рассеянии.
Американская архиепископия составляет самую важную часть Константинопольской Церкви, являясь, если можно так сказать, ее экономическим и политическим оплотом. Также она самая большая по численности часть Патриархата. Архиепископия была основана 11 мая 1922 г., хотя греческие приходы в Америке, вошедшие в нее, появились еще в 60-е г.г. XIX ст. В жизни Американской архиепископии, как и во всех Греческих Церквах диаспоры, очень важную роль играют греческие общины. Представители этих общин имеют широкое участие в управлении Церковью на всех уровнях — от рядового прихода и до самой архиепископии. Во главе Американской архиепископии в Нью-Йорке стоит архиепископ, избираемый Синодом Вселенского Патриархата в Стамбуле. Нынешним ее главой является архиепископ Димитрий. Архиепископ возглавляет Синод, состоящий из всех епископов Церкви.
Архиепископия состоит из следующих епархий: Чикагская митрополия (митрополит с титулом Кринского), Сан-Францисская (митрополит с титулом Дарданеллского), Питсбургская (митрополит с титулом Энского), Бостонская (митрополит с титулом Анейского), Денверская (митрополит с титулом Приконисского), Атлантская епископия, Детройтская епископия. Архиепископия имеет также одного викарного епископа с титулом Ксанфосского. Архиепископия имеет свои учебные заведения и каждые две недели издает листок «Православный обозреватель» — «The Orthodox Observer».