Константинопольская Церковь имеет сложную и разветвленную структуру. Часть ее находится на ее канонической территории — в Турции, однако значительно большая часть рассеяна за пределами этой страны. В Турции на данный момент остается от 2 до 3 тыс. православных — главным образом, греков старшего поколения. Общее количество верующих в юрисдикции Вселенского Патриархата достигает 4, 5 млн. человек, в основном это американская и европейская греческая диаспора. В его юрисдикции также находятся монастыри Афона, автономные Церкви на Крите и в Финляндии, некоторые епархии в Северной Греции, автономная архиепископия на территории Эстонии. В Америке в состав Патриархата входит и ряд украинских автономных Церквей.
— Константинопольская архиепископия, в которую входят Стамбул и окрестности; ее возглавляет Патриарх
— Халкидонская епархия
— Епархия Имвра и Тенеда
— Епархия Принкипонниса
— Епархия Деркии
Вселенский Патриархат претендует на особую роль среди Церквей диаспоры. В качестве основания, как правило, приводится 28-й канон Халкидонского собора:
«Во всем последуя определениям святых отец, и признавая читаемое ныне правило ста пятидесяти боголюбезнейших епископов, бывших в Соборе во дни благочестивыя памяти Феодосия, в царствующем граде Константинополе, новом Риме, то же самое и мы определяем и постановляем о преимуществах святейшей Церкви того же Константинополя, новаго Рима. Ибо престолу ветхаго Рима отцы прилично дали преимущества: поелику то был царствующий град. Следуя тому же побуждению и сто пятьдесят боголюбезных епископов представили равные преимущества святейшему престолу новаго Рима, праведно разсудив, да град, получивший честь быть градом царя и синклита, и имеющий равные преимущества с ветхим царственным Римом, и в церковных делах возвеличен будет подобно тому, и будет вторый по нем. Посему токмо митрополиты областей, Понтийской, Ассийской и Фракийской, и так же епископы у иноплеменников вышереченных областей, поставляются от вышереченнаго святейшаго престола святейшия Константинопольская церкви: каждый митрополит вышеупомянутых областей, с епископами области, должны поставлять епархиальных епископов, как предписано Божественными правилами. А самые митрополиты вышеупомянутых областей должны поставляемы быть, как речено, Константинопольским архиепископом, по учении согласнаго, по обычаю избрания, и по представлении ему онаго».
Из выделенной части правила следует, что Константинопольскому архиепископу предоставляется право поставлять митрополитов трех соседних с Константинополем митрополий: Понтийской, Никомидийской и Фракийской, а также епископов «у иноплеменников вышереченных областей». Между тем, в греческом тексте правила запятая стоит не после фразы «вышереченных областей», но после «и так же епископы у иноплеменников». Таким образом получается, что Константинопольский епископ имеет право поставлять епископов у иноплеменников (в варварских землях) не лишь указанных трех епархий, но вообще. Между тем такая трактовка текста (а именно о трактовке издателей можно говорить в данном случае, потому что, как известно, тексты канонов писались в эпоху, когда знаков препинания еще не было) противоречит структуре фразы. Но даже если принять такое истолкование текста канона и согласиться с тем, что Константинопольский Патриарх имел право на Церкви за пределами Византийской империи, это все равно не дает ему права в современных условиях претендовать на ту же роль в Церквах диаспоры, потому что права, предоставленные Константинопольскому епископу Отцами Собора, были обусловлены политическим значением столицы Византии. Следовательно, с момента, когда Константинополь перестал быть «градом царя и синклита», Константинопольский архиепископ также утратил многие свои права, в том числе, если таковое допустить, право на Церкви в «варварских землях».
Таким образом, Константинопольский Патриархат не имеет особых прав на Церкви в рассеянии. Он имеет такие же права на епархии диаспоры, как и прочие Поместные Церкви.
Некоторые Церкви за пределами Турции, входящие в состав Константинопольского Патриархата, принадлежат ему традиционно, а не в силу распространения греческой диаспоры по всему миру. Это, главным образом, Церкви на территории современной Греции, которая лишь в 1850 г. получила признанную Автокефальную Церковь. До этого все епархии здесь входили в юрисдикцию Константинопольского Патриархата. Власть Патриархата распространяется на те территории Греции, которые вошли в это государство в позднейшее время, в частности после образования Элладской Церкви. Поскольку до вхождения в Грецию юрисдикционно они принадлежали Константинопольскому Патриархату, то по договоренности как с правительством страны, так и с Греческой Церковью они остались в церковном подчинении Патриархата. К их числу относятся следующие Церкви: