В 1918 г. после Первой мировой войны возрождается Польское государство. В 1921 г., согласно Рижскому договору, к Польше отошли Западная Украина и Западная Беларусь с их преимущественно православным населением. В этом же году в связи с новым политическим положением для управления епархиями Русской Православной Церкви, которые оказались за границей, на Варшавскую кафедру Патриархом Московским Тихоном назначается бывший Минский архиепископ Георгий (Ярошевский) с возведением в сан митрополита и предоставлением Церкви в Польше прав широкой автономии.
Однако под давлением Польского правительства, хотевшего всецело оторвать от Москвы православные епархии Польши с их почти 5 млн. верующих, православные иерархи в Польше стали стремиться к полной автокефалии. В 1922 г. принимаются временные правила управления Православной Церковью в Польше, позволяющие правительству вмешиваться в ее внутренние дела. В июне 1922 г. собор православных епископов в Польше высказался за полную автокефалию тремя голосами против двух. Иерархи — противники незаконной автокефалии — подверглись репрессиям со стороны правительства.
После трагической гибели митрополита Григория 8 февраля 1923 г., убитого архимандритом Смарагдом (Латышенко), бывшим ректором Волынской Духовной Семинарии, отстраненным от должности и запрещенным в священнослужении за верность каноническому правопорядку, обязанности председателя Польского Синода принял на себя архиепископ Волынский Дионисий (Валединский). 13 марта 1923 г. он был утвержден в сане митрополита Варшавского и Волынского и всея Православной Церкви в Польше Константинопольским Патриархом Мелетием IV. Однако в 1924 г. Патриарх Тихон выразил недоумение самочинностью действий новоявленного митрополита Дионисия и отказался предоставить Польской Церкви полную независимость, ссылаясь при этом на гонения православных в Польше. В результате этого 13 ноября 1924 г. Патриарх Константинопольский Григорий VII издал Томос о признании Православной Церкви в Польше автокефальной, однако в ряде моментов внешнего характера эта независимость была ограничена. Это было нарушением канонов в связи с тем, что автокефалия даровалась одной Поместной Православной Церковью части другой Поместной Православной Церкви, и даже без ее согласия. В связи с нестроениями в самом Вселенском Патриархате официальное провозглашение польской автокефалии состоялось лишь 17 сентября 1925 г. Этот акт вызвал неодобрение со стороны тогдашнего главы Русской Церкви, местоблюстителя Патриаршего Престола митрополита Сергия (Страгородского), которое было выражено в ряде посланий 1928 и 1930 г.г. Автокефалию Православной Церкви в Польше признали в то время все Поместные Церкви, за исключением Русской.
После провозглашения автокефалии внутренняя жизнь Церкви протекала в сложных и противоречивых условиях. На Волыни началась кампания по украинизации церковной жизни. Опираясь на подписанный в 1927 г. польским правительством и Римским папой конкордат, признававший в Польше католичество господствующим вероисповеданием, в 1930 г. римо-католики потребовали возвращения себе православных зданий и храмов, всего около 700 зданий и объектов (в том числе Почаевской Лавры и многих других монастырей), то есть половину имущества Православной Церкви в Польше, а также святынь и церковного имущества. Перед лицом грозящей опасности происходит духовное единение всех православных, совершаются массовые паломничества и крестные ходы к православным святыням. Однако это имело лишь частичный успех, около 500 зданий было отобрано, а собор во имя св. князя Александра Невского в Варшаве был взорван. Вскоре Польшу наполнили иезуиты и представители других католических орденов. Ксендзы стали поучать в своих проповедях, что лучше быть «поганином» (язычником), чем «схизматиком» (православным). Начались попытки по полонизации духовного образования, делопроизводства, православного богослужения и церковного управления. В то время количество православных в Польше достигало 4 млн. человек, то есть составляло Ш.
К моменту провозглашения автокефалии Православной Церкви в Польше, здесь действовали две духовных семинарии — в Вильно и в Кременце и несколько духовных мужских и женских училищ. В феврале 1925 г. было открыто высшее духовное учебное заведение — Православный Богословский факультет при Варшавском университете. По указанию польского правительства во всех духовных учебных заведениях была введена новая система образования, сводившаяся к воспитанию будущих пастырей исключительно на началах польской культуры и римско-католического конфессионализма. Язык преподавания, даже в быту студентов, стал польским.