Новая волна преследования православных началась в 1936–1938 г.г., когда в результате откровенного насилия и поджогов православных храмов погибло до 150 православных святынь, прежде всего на Холмщине и Подляшье. В общественной жизни проводилась дискриминация по национальному и религиозному принципу. Все это сопровождалось усиленными попытками со стороны римо-католиков насадить унию. В 1938 г. в Польше был созван Православный собор, который честно признал, что трагедия явилась следствием уступок со стороны православных иерархов прокатолическим властям, и установил в знак покаяния трехдневный пост. В ответ на это 18 ноября 1938 г. был издан Декрет Президента Польской Республики «Об отношении государства к Польской Православной Церкви», ставивший церковную жизнь под политический контроль государственной власти.
Серьезные трудности в жизни польского Православия возникли во время Второй мировой войны 1939–1945 г.г. Восточные епархии Польши (Виленская, Гродненская и Пинская) вернулись в состав Русской Церкви. На территории Польши, оккупированной Германией, существовали три епархии — Варшавская, Холмская и Краковская.
Земли, занятые советскими войсками в 1939–1941 г.г., вошли в состав Минской епархии. Патриаршим Экзархом Западной Украины был назначен архиепископ (потом митрополит) Николай (Ярушевич), а в Западной Беларуси церковное управление возглавил в качестве Экзарха Московской Патриархии архиепископ Пантелеймон (Рожновский). Здесь, как и повсюду в СССР, Православная Церковь испытывала притеснения со стороны государства.
В самой Варшаве, столице созданного Германией генерал-губернаторства, возникло стремление пригласить в качестве главы Церкви архиепископа Серафима (Ляду), подчинявшегося Синоду «Русской Православной Церкви за границей», чтобы ликвидировать незаконную автокефалию, принесшую немало бед православным в бывшей Польше. Только в 1940 г. митрополит Дионисий, временно устраненный от управления делами Церкви, вернулся к исполнению своих обязанностей. Возглавляемая им Церковь называлась «Автокефальная Православная Церковь в Генерал-губернаторстве».
На территории Украины после начала войны Германии с СССР возникло две юрисдикции — автономная во главе с митрополитом Алексием (Громадским) с 1941 г., и автокефальная во главе с епископом Поликарпом (Сикорским) с 1942 г. Епископ Поликарп стал на путь открытого сотрудничества с фашистами, а митрополит Алексий был убит 7 мая 1943 г.
В 1944 г. перед вступлением в Польшу советских войск митрополит Дионисий, опасаясь репрессий, покинул страну. Церковью временно управляла духовная консистория. После возвращения митрополит оказался в изоляции, поскольку большинство клира и мирян требовало восстановления церковного общения с Русской Церковью и получения от нее законной автокефалии. В 1948 г. после взаимного обмена делегациями братское общение было восстановлено и долгожданная автокефалия была дарована Патриархом Московским Алексием I 22 июня того же года. Одновременно встал вопрос о главе Церкви. Временно с 1948 до 1951 г. Церковь возглавлял архиепископ Белостоцкий и Бельский Тимофей (Шретер). После покаянного письма митрополита Дионисия Патриарху Московскому Алексию было восстановлено с ним каноническое общение и оставлен титул митрополита. Но, поскольку РПЦ не считала канонически правильным и возможным вмешиваться во внутренние дела Польской Церкви, в том числе и относительно избрания ее главы, митрополит Дионисий не был избран предстоятелем Церкви. Этот вопрос решился только в 1951 г., когда Архиерейский собор Польской Церкви обратился к Московскому Патриархату с просьбой позволить одному из русских архиереев, имеющему соответствующий духовный опыт и богословскую подготовку, возглавить Польскую Церковь. Таким архипастырем стал архиепископ Львовский Макарий (Оксиюк, 1951–1961). Его преемниками были митрополит Тимофей (Шретер, 1961–1962), временно управляющий Церковью архиепископ Георгий (Корянистов, 1962–1965), митрополит Стефан (Рудык, 1965–1969), митрополит Василий (Дорошкевич, 1970–1998).
В 1949 г. были основаны три епархии: Варшавская, Белостоцко-Гданьская и Лодзинско-Вроцлавская. В связи с миграцией людей с востока в центр и запад Польши был осуществлен новый раздел епархий. К 1952 г. в Польской Православной Церкви было четыре епархии: Варшавско-Бельская, Белостоцко-Гданьская, Лодзинско-Познаньская и Вроцлавско-Щецинская. В 1983 г. была восстановлена Перемышльско-Новосондетская епархия, а в 1989 г. — Люблинско-Холмская.
После Второй мировой войны в Польской народной республике церковно-государственные отношения строились по модели, принятой в Советском Союзе, но, во-первых, в более мягкой форме, а, во-вторых, в решении спорных вопросов предпочтение отдавалось Католической Церкви.