Стремление к возрождению славянского богослужения стало одной из причин гуситских войн в начале XV в. После казни Яна Гуса в Констанце в 1415 г., Чехия вышла из повиновения Римской Церкви и стала первой некатолической страной Западной Европы. Известно, что гуситы искали союза с Восточной Церковью. В 1451–1453 г.г. в Константинополе велись переговоры о возможности воссоединения чешских «утраквистов» (или «подобоев», т. е. гуситов, ратовавших за причащение под двумя видами) с Православной Церковью. В 1451 г. Константинополь посетил некий «благочестивый иерей» Константин Ангелик, представивший от лица чехов «Книгу веры». Исповедание гуситов было признано вполне православным, и Константинополь обещал прислать в Чехию православное духовенство. Завоевание Константинополя турками в 1453 г. прервало начатые переговоры. Гуситское же движение стало после этого развиваться в сторону радикального разрыва с церковной традицией и в XVI в. вошло в союз с немецкими протестантами.
В XVI в. Чехия и Словакия входят в Габсбургскую Австро-Венгрию, и их политическая автономия была ликвидирована. Усиленная католическая пропаганда стремилась окончательно ликвидировать следы Православия в Центральной Европе. В 1609 г. император Рудольф II издал «Грамоту Величества», гарантирующую чешским протестантам свободу совершения богослужения. Но восшедший на престол в 1612 г. его брат Матвей эту грамоту отменил, что привело к восстанию в Чехии. В 1620 г. состоялось кровопролитное сражение между чешскими войсками и армией католической лиги у Белой Горы под Прагой. Чехи потерпели сокрушительное поражение. После этого полным ходом начался процесс католизации Чешских земель. Более 30 тыс. чешских семей вынуждены были покинуть родину. Чехия была лишена политической самостоятельности и превращена в австрийскую провинцию Богемию.
Несколько иначе сложилась судьба словацкого народа. После распада Великоморавской державы Словакия вошла в состав Венгерского королевства. Династия Арпадов (Арпадовичей), правившая в Венгрии в 889-1301 г.г., находилась в родственных связях с византийскими и русскими аристократическими родами и потому терпимо относилась к. греческой и славянской богослужебным традициям. Известно, что еще в XIV в. греческих (православных) монастырей в Венгерском королевстве было больше, чем католических, что вызывало беспокойство Римского престола. В Мукачеве существовала православная епархия, в которую входило славянское население (русины и словаки) Закарпатья (Подкарпатской Руси), Восточной Словакии и Потисья. После 1453 г. эта епархия удерживала некоторое время связь с Киевской митрополией, а позднее с Молдавской и Сербской Православными Церквями. В 1308 г. к власти в Венгрии пришла Анжуйская династия, покровительствовавшая католикам, что ухудшило положение православных.
В первой половине XVII в. в Восточной Словакии и Закарпатье предпринимаются попытки введения унии с Римом. Поначалу они были неудачными. Так, в 1614 г. униатский епископ Анастасий Крупецкий был изгнан из монастыря Красный Брод. И лишь 24 апреля 1646 г. в Ужгороде 63 православных священника были насильственно присоединены к Римо-Католической Церкви. Документ об этой унии был оформлен лишь в 1652 г. со значительными фактическими ошибками. Так, датой возникновения унии здесь назван 1649 г. Этой фальсификацией объясняется разнобой в датировке Ужгородской унии, имеющий место в церковно-исторической литературе и по сей день. Документ 1652 г. был подписан лишь 6 архидеканами (благочинными). Простой же народ, несмотря на свое формальное униатство, продолжал держаться «старой веры» и считать себя православным. В Восточной Словакии и Закарпатье сохранились юлианский богослужебный календарь, церковнославянский язык, традиционные для этой местности церковные распевы и иконография. Славянское богослужение помогло сохранить национальную идентичность и противостоять мадьяризации вплоть до начала XX в.
С 1699 г. вся Венгрия попала под власть Габсбургов. В XVIII в. в царствование ревностной католички Марии Терезии (1717–1780) начался процесс латинизации униатской церкви в Восточной Словакии и Закарпатье. Предпринимались попытки введения григорианского календаря, праздника поклонения Святым Дарам, обычая совершать розарий, западного облачения для духовенства. Проводилось исправление православных книг по римским образцам, демонтировались иконостасы и т. д. Толерантный патент (Акт о веротерпимости) императора Иосифа II, изданный 13 октября 1781 г., гарантировал свободу вероисповедания не только протестантам, но и православным. Однако в Венгерской части империи переход униатов в православие был обставлен практически невыполнимыми юридическими процедурами, что свело на нет действие указанного патента.
В 1816 г. создается Прешовская греко-католическая епархия, целью которой была ликвидация остатков православия в крае и переведение в латинский обряд местных униатов. Но эти цели не были достигнуты. Лучшие представители униатского духовенства выступили защитниками местных церковных традиций.