В 1920 г. в Чехии возникает еще одна православная община во главе с епископом Савватием (Врабецем, 1880–1959), которая возникла на основе общества «Православная беседа». Архимандрит Савватий, чех по национальности, выпускник Киевской Духовной Академии, в 1920 г. был назначен викарием Волынского епископа и ректором Холмской Духовной Семинарии. В 1921 г. он приехал в Прагу. Сначала община признавала юрисдикцию Сербской Церкви, но в 1923 г. архимандрит Савватий отправился в Стамбул, где 4 марта Патриархом Константинопольским Мелетием (Метаксакисом) был рукоположен в сан епископа и назначен «Архиепископом Пражским и всея Чехословакии». Сербский Патриарх Димитрий отправил в Стамбул телеграмму, в которой сообщал, что на территории Чехословакии уже существуют приходы сербской юрисдикции. Он просил не рукополагать архимандрита Савватия, так как это может повредить делу православной проповеди в Чехословацкой республике. Но эта телеграмма была получена уже после совершения хиротонии. Появление в Чехословакии еще одной юрисдикции не позволило объединить всех православных в единую церковную структуру. Впоследствии правительство Чехословакии вопрос о юрисдикции все же решило в пользу Сербской Церкви.
Епископ Горазд постепенно добился субсидий от правительства для духовенства. При нем строились храмы, налаживалась внутренняя церковная жизнь. Он добился признания в 1929 г. правительством Православной Церкви в Чехии и Моравии в качестве юридической организации. По переписи населения 1930 г. в Чехословацкой республике проживало 145483 православных.
После окончания Первой мировой войны началось также активное движение за возвращение в лоно Православной Церкви в Подкарпатской Руси и Восточной Словакии. Это было сугубо народное движение, практически не нашедшее поддержки со стороны греко-католического духовенства. К началу 1920 г. православное движение захватило здесь уже около 50 тыс. человек, а к 1928 г. число православных достигло 112 тыс. человек. В 1929 г. Сербской Православной Церковью была создана Мукачевско-Прешовская епархия. В тридцатых годах Православная Церковь имела здесь уже более 100 приходов, на которых служило около 100 священников. Для управления епархией в 1920-30-е г.г. в Восточную Словакию и Закарпатье направлялись архиереи из Сербии. Из них особо известен своей миссионерской деятельностью епископ Нишский Досифей (впоследствии митрополит Загребский). В 1930 г. на Подкарпатскую епархию был назначен епископ Иосиф, с которым в Чехословакию прибыл известный богослов отец Иустин (Попович), трудившийся здесь в течение двух дет. К 1938 г. здесь было построено 127 новых храмов и открыто несколько монастырей и скитов.
В Восточной Словакии и Подкарпатской Руси существовали также приходы, подчинявшиеся архиепископу Савватию. В 1923 г. им был прислан сюда архимандрит Виталий (Максименко), выпускник Казанской Духовной Академии, состоявший до революции в братии Почаевской Лавры и занимавшийся там издательской деятельностью. Во время военных и революционных потрясений о. Виталий сумел сохранить типографию, которую перевез сначала в Сербию, а оттуда в Словакию. Благодаря его миссионерской деятельности в Восточной Словакии было создано 26 православных приходов. 1 апреля 1928 г. собрание представителей этих общин приняло решение о переходе в юрисдикцию Сербской Церкви. Главной заслугой о. Виталия является создание монастыря преподобного Иова Почаевского в Ладомирове и открытие при нем типографии. В 1934 г. архимандрит Виталий был рукоположен во епископа митрополитом Антонием (Храповицким) в Сремских Карловцах и отправлен в Северную Америку как архиепископ. Во время Второй мировой войны созданный им монастырь был разрушен. Братия же переселилась в обитель Святой Троицы в Джорданвилле (США, штат Нью-Йорк), куда была перевезена и типография.
В промежутке между двумя мировыми войнами на территории Чехословацкой республики существовали также православные приходы русских эмигрантов, подчинявшиеся митрополиту Евлогию (Георгиевскому, до 1931 г. в составе Московской Патриархии, в 1931–1945 г.г. — экзарх русских приходов в Западной Европе в составе Константинопольского Патриархата, в 1945 г. воссоединился с Московской Патриархией), которыми управлял епископ Сергий (Королев). В это время русская диаспора в Чехословакии была весьма многочисленна. Для погребения русских эмигрантов было создано Успенское братство, тщанием которого на Ольшанском кладбище в Праге был воздвигнут храм в честь Успения Божией Матери, освященный в 1925 г. митрополитом Евлогием. В 1923–1924 г.г. в Подкарпатской Руси в юрисдикции архиепископа Савватия служил известный отечественный иерарх епископ (впоследствии митрополит) Вениамин (Федченков).