В 431 г. на III Вселенском соборе архиепископ Кипрский Регин обратился к отцам собора с просьбой о предоставлении его Церкви автокефалии, которая и была дарована ей 8-м правилом указанного Вселенского собора. Несмотря на неоднократные попытки Антиохии подчинить себе Кипрскую Церковь, она продолжала оставаться независимой благодаря прежде всего позиции Константинопольских Патриархов. В V в. Кипрскую Церковь настойчиво стремился подчинить себе Антиохийский Патриарх Петр Кнафей (сторонник монофизитской ереси), что понудило Архиепископа Кипрского Анфима отправиться в Константинопль искать защиты. По указанию византийского императора Зенона (474–475; 477–491) Константинопольский Патриарх Акакий созвал Священный Синод, который подтвердил определение III Вселенского собора об автокефалии Кипрской Церкви. Окончательно автокефалия Кипрской Церкви была утверждена 39 правилом Пято-Шестого Трулльского (Константинопольского) собора (691). В 1598 г. Антиохийский Патриарх Иоаким еще раз попытался подчинить Кипрскую Церковь, но безуспешно. Решительным защитником автокефалии Кипрской Церкви выступил в то время Александрийский Патриарх Мелетий Пигас.
Во время арабского нашествия Кипрская Церковь вместе со своим народом подверглась бедствиям и гонениям. В 691 г. по указу императора Юстиниана II большинство греческого населения во главе с архиепископом Кипрским Иоанном было переселено в область Геллеспонт, недалеко от Константинополя. Здесь был основан город Новая Юстиниана, который был передан в управление Кипрскому предстоятелю с сохранением за ним прав главы автокефальной Церкви. С тех пор, несмотря на возвращение киприотов в 747 г. на остров, архиепископы сохранили за собой этот титул.
Резиденция Архиепископа в VIII в. была перенесена в Аммохост (Арсиной, ныне Фамагуста). В начале XIII в. (1215) кафедра волей латинян была перенесена в Левкосию.
В так называемый византийский период истории Кипрской Православной Церкви (до 1191 г.) на острове развивалась и монашеская жизнь. Это развитие шло по двум направлениям — отшельническое монашество и общежительное. Св. равноапостольная царица Елена основала на острове Ставровунийский (Крестовоздвиженский) монастырь. В это же время был основан и монастырь святителя Николая. В конце V в. был основан монастырь св. апостола Варнавы. Некоторые из основанных в тот период монастырей существуют по сей день.
9.1.2. Латинское господство на Кипре
Византийское господство на Кипре сохранялось до 1191 г., пока в результате третьего Крестового похода остров не был захвачен английским королем Ричардом Львиное Сердце. Этим было положено начало латинскому господству на Кипре, сопровождавшемуся униженным положением православных и попытками их обращения в католичество. Вначале остров был продан королем Ричардом католическому духовно-рыцарскому ордену тамплиеров, которые заставляли греков принимать латинство. В том же году против тамплиеров вспыхнуло восстание, после которого тамплиеры покинули остров. Ричард в 1193 г. продал остров королю Иерусалима Гюи Лузиньяну. В 1489 г. Кипр перешел во владение Венеции на положении колонии.
Еще в 1220 г. на Кипре была утверждена католическая иерархия, состоявшая из архиепископа (кафедра в Левкозии) и трех епископов, а в 1260 г. папа Александр IV издал буллу, которая определила дальнейшее положение православных на все время латинского господства на острове. Число православных епископий было сокращено с четырнадцати до четырех, соответственно латинским; должность православного архиепископа была упразднена; греческие епископы могли жить только в установленных католиками местах. После хиротонии православные епископы должны были давать присягу верности и подчинения папе как главе Церкви. Церковное имущество было отнято католиками, а православные епископы платили налог латинскому архиепископу.
9.1.3. Турецкое господство на Кипре
В 1571 г. Кипр был захвачен турками, и Церковь оказалась в том же положении, что и остальные Церкви в османской империи. Множество клириков и православной паствы было уничтожено или уведено в плен, храмы превращены в мечети, имущество монастырей расхищено. Тем не менее, благодаря мудрой церковной политике своих архипастырей, Кипрская Церковь со временем добилась получения от Высокой Порты таких же привилегий, как и Вселенский Патриархат. Со второй половины XVII в. архиепископ был провозглашен «милет-баши» и получил политическую власть этнарха над всем православным населением Кипра. С этого времени архиепископы по сути дела стали светскими правителями острова. Несмотря на гарантии прав православного населения, турки неоднократно притесняли и уничтожали христиан.