Во время турецкого господства на острове сформировалось внешнее устройство Кипрской Церкви во главе с архиепископом, которому были подчинены три епархиальных архиерея — Пафский, Китийский и Киренийский, носящие с начала XVII в. титулы митрополитов. При архиепископе был организован Синод, в состав которого вошли митрополиты и архимандриты.
Начало XIX в. ознаменовалось особым стремлением греков к завоеванию свободы. И когда в 1821 г. в Морее и других местах Греции вспыхнуло антитурецкое восстание, кипрские единоплеменники отнеслись к этому с большим сочувствием. После мученической кончины Константинопольского Патриарха Григория V на Кипре архимандритом Фемистоклом Фисевсом были распространены прокламации. Когда об этом стало известно турецкому губернатору, он обрушил на киприотов жесточайшие преследования. Все три митрополита были обезглавлены, а Архиепископ Киприак повешен. Были повешены также игумены монастырей, священники, преданы смертной казни церковные должностные лица, народные старейшины и знатные люди.
В том же году Антиохийский Патриарх Серафим смог послать на остров своих архипастырей, которые восстановили иерархию Кипрской Церкви, хиротонисав для нее архиепископа и трех митрополитов.
В период владычества турок на острове Константинопольская Церковь особенно часто вникала в дела Кипрской Церкви. Патриархи вмешивались в избрание архиепископа и епархиальных архиереев, в дела их управления приходами, во внутреннюю жизнь монастырей. Современные греческие историки утверждают, что это вмешательство объясняется теми тяжелыми условиями, в которых находилась тогда Кипрская Церковь и что Константинопольский Патриархат не ставил своей целью нарушить ее автокефалию путем подчинения себе.
9.1.4. Кипр во времена английского господства
В 1878 г. на Кипре утвердился протекторат Англии. Весть о переходе острова под управление Англии — христианской державы — была с радостью встречена православными киприотами. Они надеялись на то, что Британия будут содействовать объединению острова с Грецией. Но англичане стали проводить на острове свою обычную колонизаторскую политику. Освобождение от исламских притеснений сменилось протестантской пропагандой и колонизаторской политикой и не принесло облегчения кипрским христианам. А так как сохранение национального самосознания у киприотов связывалось с деятельностью Православной Церкви, то ликвидация ее стала одной из важнейших задач колонизаторов.
Под покровительством англичан на Кипре развернулась активная протестантская пропаганда. Архиепископ Софроний и иерархи выступили в защиту прав Кипрской Церкви. Но после кончины Архиепископа Софрония (+1900) англичане взяли курс на лишение Кипрской Церкви предстоятеля или на поставление угодного колонизаторам архиепископа. На острове образовались две партии, каждая из которых выставляла своего кандидата на вакантную архиепископскую кафедру. Только в 1909 г. православным удалось избрать нового архиепископа Кирилла II (до 1916 г.), много потрудившегося в деле внутренней организации Кипрской Церкви и распространения среди своих соотечественников духовного просвещения. При нем в 1914 г. был принят Устав Кипрской Православной Церкви, который действует поныне.
В 1914 г. Великобритания аннексировала Кипр, а в марте 1925 г. объявила его своей колонией, во главе которой был поставлен английский губернатор. Все это привело к тому, что в 1931 г. против англичан вспыхнуло восстание, во главе которого стояли представители духовенства и епископата. Восстание было подавлено, а два из трех кипрских митрополитов — Никодим и Макарий — были отправлены в ссылку.
С 1933 по 1947 г. английские власти вновь препятствовали избранию нового предстоятеля Церкви и хиротонии новых архиереев на вдовствующие кафедры. В 1933 г. скончался преемник архиепископа Кирилла П архиепископ Кирилл Ш. На острове остался единственный митрополит — Леонтий Пафский. Но православные киприоты продолжили борьбу за политическую независимость и церковную свободу. В 1946 г. был возвращен из ссылки митрополит Киренийский Макарий, а в июле 1946 г. архиепископом стал бывший митрополит Пафский Леонтий. Через 37 дней после восшествия на престол он скончался, и его преемником в конце 1947 г. был поставлен митрополит Макарий П. Одновременно были хиротонисаны митрополиты на все исторически сложившиеся епархии. Так после четырнадцатилетнего перерыва Кипрская Православная Церковь вновь получила полную каноническую иерархию.
Архиепископ Макарий II создал в 1948 г. Совет Этнархии, который возглавил политическую борьбу за независимость Кипра. В 1950 г. на Кипре был проведен всенародный референдум, на котором 90 % населения Кипра проголосовало о предоставлении Кипру политической независимости.