Следует предполагать, что И. А. Зиновьев выражал недовольство самостоятельностью о. Ионы и его прогреческой позицией в церковных делах. 29 января 1906 г. Иона обратился к митрополиту Антонию с просьбой не переводить его на другое место. «Мое здоровье, не выносящее сурового климата и какой-либо систематической работы, моя деятельность в основанной мною школе и по изданию полезных книг на греческом языке, поддерживаемые мною отличные и дружеские отношения с греческой иерархией – все это дает мне смелость надеяться на милостивое внимание Вашего Высокопреосвященства к моей просьбе», – писал он[175]
. Неблагополучно складывались и отношения архимандрита Ионы с иеромонахом Павлом, которые постепенно перешли в открытый конфликт. О. Павел, в лице которого Иона ожидал преданного послушника, секретаря и помощника, проявлял в своей деятельности большую самостоятельность, чем вызвал негодование своего властного начальника. В том же письме следуют жалобы на о. Павла, который, по словам о. Ионы, уже в течение пяти месяцев отсутствует, в последние два года не помогает ему в его литературных занятиях и мало полезен для школы, а вместо того занимается без ведома начальника сбором денег, скрывая от него сборные книги и отчеты. В заключение он просит удалить о. Павла и передать заведование школой ему самому. Поскольку эта просьба была оставлена без внимания, 27 сентября 1908 г. архимандрит Иона снова обращается к митрополиту Антонию с жалобой на о. Павла, деятельность которого, по его словам, вредна для дела и «огорчительна для меня лично». По сообщению о. Ионы, иеромонах Павел без его ведома занимался сбором денег на Константинопольскую патриархию, чем ставил его в неловкое положение. «Увлеченный денежными операциями, иер. Павел задумал без моего ведома скупать священные реликвии, продаваемые здесь некоторыми недобросовестными людьми. У одного расстриженного монаха-грека из Иерусалима он купил часть Животворящего Креста, которая была препровождена им в Воскресенский монастырь Новгородской губернии, место прежнего жительства иер. Павла, где была принята с большими торжествами. Но вскоре между продавцом и покупателем возник денежный спор, приведший к суду у патриарха и у г. посла […]. Соблазн от этой торговли вышел большой»[176]. В этом же письме архимандрит Иона с раздражением пишет о двух школах в Сан-Стефано, которые содержатся русскими афонскими келлиотами (монашеской и женской). О. Павел стал преподавать и в них, чем вызвал негодование своего начальника.Донос о. Ионы возымел свое действие: 2 декабря 1908 г., даже не попытавшись разобраться в ситуации, Синод постановил возвратить о. Павла в Воскресенский монастырь[177]
. Далее бюрократическая машина начала действовать, и 11 сентября 1909 г. был издан указ хозяйственного управления при Синоде о прекращении высылки ему пособия[178].О. Павел нашел защитника в лице посла И. А. Зиновьева, который признавал образ действий о. Ионы неправильным. По рекомендации Ф. И. Успенского о. Павел был назначен преподавателем закона Божия в русском коммерческом училище. И. А. Зиновьев также предложил ему совершать в Сан-Стефанском храме богослужения на греческом языке для местного населения. Все обязанности о. Павел выполнял, по словам посла, «с примерной добросовестностью». Удаление его, таким образом, «крайне невыгодно отразилось бы на деятельности учебных учреждений»[179]
. Письмом от 9 июня 1909 г. о. Павел лично обратился к митрополиту Антонию Санкт-Петербургскому с просьбой об оставлении в Константинополе[180].