Правитель Сонджо, бежавший вместе с двором к северной границе, попросил помощи у империи Мин. Минская верхушка не могла отказать, поскольку именно империя Мин была главной целью Тоётоми, а врага лучше бить на чужой территории. Уже в июле 1592 года прибыло первое минское войско, которое попыталось отбить у японцев Пхеньян. Момент для атаки был выбран умно — китайцы напали внезапно, во время ливня, но японцы в несколько раз превосходили нападающих численностью. Они впустили китайскую кавалерию в город, где ее удобнее было уничтожать, а затем добили отступивших у стен Пхеньяна. Японцы применяли политику устрашения — истребляли всех врагов, не беря никого в плен, а также массово убивали мирных жителей. Тоётоми Хидэёси давал понять корейцам, что всякий сопротивляющийся обречен на смерть. Запугивание — удобный способ достижения победы, но он часто приводит к обратному — зверства японцев вызвали негодование у корейского народа, который начал стихийно создавать партизанские отряды для борьбы с оккупантами. В совокупности эти партизанские отряды нанесли японцам бо́льший урон, нежели регулярная чосонская армия.
В следующий раз, в конце 1592 года, на помощь корейцам пришло пятидесятитысячное минское войско, которое при поддержке чосонской армии в начале 1593 года смогло взять Пхеньян. Развивая успех, китайцы с корейцами пошли на чосонскую столицу, но японцы вынудили их отступить к Пхеньяну.
В отличие от сухопутных войск чосонский флот под командованием прославленного адмирала Ли Сунсина действовал очень успешно. До начала войны Ли Сунсин командовал флотом левой восточной части провинции Чолла, который защищал корейские берега от японских пиратов. Ли Сунсин не просто командовал флотом, но и организовал в провинции Чолла производство всего, в чем нуждался флот, начиная с амуниции и заканчивая кораблями. Это требовало денег, и потому Ли Сунсин стимулировал освоение пустошей, добычу соли и рыболовство — традиционные занятия жителей Юга. В результате флот Ли Сунсина был обеспечен всем необходимым и имел боевой опыт, полученный в бесконечных стычках с пиратами. А сам Ли Сунсин пользовался огромной популярностью в провинции Чолла, жители которой во время войны оказывали ему всяческую поддержку.
Ли Сунсин был не только талантливым военачальником и хорошим администратором, но и изобретателем. Считается (хотя некоторые историки это и оспаривают), что он изобрел кобуксон — бронированный корабль-«черепаху». Этот корабль был покрыт особым навесом, собранным из металлических пластин, который предохранял моряков от вражеских стрел и ядер. Каждая пластина имела большой острый шип. Шипы препятствовали взятию корабля на абордаж. На носу кобуксона имелись приспособления для тарана. По бокам располагались амбразуры для пушек отверстия для весел. Несмотря на тяжелую броню, кобуксон был весьма быстроходным (для того времени). Кобуксон хорошо зарекомендовал себя во время войны, и такие корабли строились впоследствии. Например, в 1716 году из 126 чосонских военных кораблей 5 были кобуксонами.
Флот Ли Сунсина серьезно нарушал снабжение японских войск и препятствовал высадке пополнений. Натиск китайской армии, постоянные партизанские атаки и перерезка морских путей снабжения вынудили японцев согласиться на переговоры в середине 1593 года. Японцам было нужно выиграть время для подготовки нового наступления.
Переговоры велись между японцами и китайцами, корейцы участвовали в них сугубо номинально. Каждая из сторон — империя Мин и Япония — считала себя победительницей и требовала от другой стороны невозможного. Тоётоми Хидэёси требовал передачи южной части Корейского полуострова и выдачи замуж за японского императора дочери минского императора. Минский император требовал от японцев признания вассальной зависимости и полного ухода с Корейского полуострова. Это было похоже на разговор слепого с глухонемым. Впрочем, обе стороны были довольны — японцы тянули время, а китайцы радовались тому, что им удалось остановить японцев на подступах к собственным границам. Недовольны были только корейцы, страна которых подвергалась разорению.