Так, в Санкт-Петербурге свежеиспеченную службу возглавил Георгий Полтавченко. До своего назначения Полтавченко в течение 12 лет работал в органах КГБ СССР, занимался обеспечением экономической безопасности государства. Одно из самых громких дел оперуполномоченного Полтавченко — история с фальшивыми драгоценностями, сделанными «под Фаберже». Это дело впоследствии легло в основу сюжета одной из серий знаменитого телефильма «Следствие ведут знатоки». А в начале 1990-ых Полтавченко возглавлял Выборгский городской отдел Управления Министерства безопасности России по Санкт-Петербургу и Ленинградской области. Оттуда и пришел на пост руководителя городской налоговой полиции.
С самого начала планировалось создание налоговой полиции именно как самостоятельного правоохранительного органа, поскольку ее концепция по большому счету не «вписывалась» ни в систему госбезопасности, ни в систему органов внутренних дел. Однако после рассмотрения материалов в Верховном Совете и в администрации Президента было принято решение создать новую структуру при Госналогслужбе. Впрочем, нужно отметить, что подразделения налоговой полиции были наделены большой степенью самостоятельности: с налоговыми инспекциями согласовывались только некоторые кадровые вопросы.
Личный состав Налоговой полиции формировался, в основном, из сотрудников милиции и госбезопасности. В Санкт-Петербурге в аппарате регионального управления ФСНП даже была квота: «двадцать на двадцать», что означало по двадцать человек из каждого ведомства. Немало людей пришло также из Вооруженных сил, где в то время шли повальные сокращения. Разумеется, у многих бывших армейских офицеров не было ни малейшего понятия о том, чем должна заниматься новая служба. Людей приходилось буквально переучивать на ходу, для чего прямо на Ильинке, в здании Налоговой службы России, были организованы вечерние трехмесячные курсы повышения квалификации. Кроме того, более 300 сотрудников Налоговой полиции съездили на стажировку в США, Германию, Италию, Великобританию и Люксембург, где познакомились с тамошней правоохранительной системой.
В первые годы существования Налоговой полиции она являлась лишь органом дознания, и все возбужденные уголовные дела должна была направлять в органы внутренних дел. Ущербность такой практики стала очевидной довольно быстро. Во-первых, органы внутренних дел в присно памятные 1990-ые и так были завалены работой: какие там налоговые преступления — с бандитами и убийцами бы разобраться! А во-вторых, сотрудники милиции в большинстве своем весьма слабо представляли себе специфику работы налоговых служб. Поэтому дела, инициированные налоговыми полицейскими, частенько заворачивали обратно или попросту закрывали. Понадобилось три с лишним года, чтобы убедить законодателей в необходимости передать Налоговой полиции право ведения следствия. Это было сделано лишь в 1995 году.
С первых же дней своего существования, не дожидаясь полного решения организационно-кадровых вопросов, сотрудники московской налоговой полиции активно включились в работу. Так, в 1992 году столичные полицейские провели 6 проверок и взыскали в бюджет 63 миллиона рублей. В следующем, 1993 году, проверок было уже 227, а казна пополнилась на 24 миллиарда 726 миллионов рублей. И в дальнейшем эти цифры только увеличивались.
С самого начала в рядах Налоговой полиции оказались представители разных правоохранительных ведомств, и прежде всего, из МВД и КГБ. Отношения между этими структурами и раньше не всегда были гладкими. А теперь давнее, многолетнее соперничество чекистов и милиционеров продолжилось уже в новых условиях — на фронте борьбы с налоговыми преступлениями. Это проявлялось не только в личной неприязни отдельных сотрудников друг к другу, но и в методах работы ведомства в целом. Так, милиционеры были буквально зациклены на вале. Основным показателем своей работы они считали количество возбужденных уголовных дел. Чекисты же предпочитали более тонкие методы. По их мнению, главное было взыскать с преступников реальные деньги в доход государства. При этом вовсе необязательно прибегать к крайним мерам. В конце концов, победил милицейский подход.
Впрочем, иначе и быть не могло. В 1990-ые годы налоговая дисциплина в стране опустилась ниже плинтуса. Налоги не платил никто. Уговоры не действовали. Свежеиспеченные нувориши, бравшие от жизни все, понимали только язык грубой силы. А силу-то как раз государство демонстрировать и не спешило. Российское налоговое законодательство и судебная практика 1990-ых годов отличались удивительным либерализмом. Эксперты Налоговой полиции насчитали не менее 150 всевозможных способов, как обойти закон и не заплатить в казну требуемую сумму. Власть как будто специально создала идеальные условия для воровства и махинаций. И если в советские годы покушения на социалистическую собственность карались по всей строгости закона, то в демократической России, напротив, суды проявляли к злостным нарушителям поразительную и ничем не мотивированную мягкость.