В марте 1896 г. в северных и южных районах Имерины образовалось несколько повстанческих отрядов, совершивших набеги на французские военные посты. Среди повстанцев – меналамба, как их именовало население, – было немало солдат бывшей малагасийской армии, вооруженных европейскими винтовками, которые были надежно спрятаны, когда французы разоружали малагасийскую армию.
В районы, охваченные повстанческим движением, было направлено девять рот французских войск – около тысячи штыков. Полковник Комб, руководивший карательной экспедицией в бассейнах рек Бецибока и Махажамба, «разорил, предал огню и залил кровью» все деревни, через которые прошли французские войска. Тем не менее большая часть повстанцев, отступивших с боями к окраинам Имерина, сохранила свои силы. После того как карательная экспедиция Комба вернулась в Тананариве, бассейны рек Бецибока и Махажамба вновь перешли под контроль меналамба.
По данным французской администрации, в рядах меналамба в этот период находилось 7 – 8 тысяч человек, вооруженных порядка 3,5 тысячи ружей. Повстанцы избрали тактику партизанской войны и постоянно прерывали коммуникации между французскими гарнизонами в Имерине. Для того чтобы контролировать дорогу Тананариве – Таматаве, французы создали многочисленные военные посты, которые, подвергаясь постоянным нападениям, несли большие потери. За первые 3 – 4 месяца восстания французы потеряли убитыми около 190 человек.
Для французского правительства становилось очевидным, что 4,5-тысячное войско, дислоцированное на Мадагаскаре, не в силах подавить восстание. Поэтому во второй половине 1896 г. на остров были направлены подкрепления: шесть рот Иностранного легиона и две роты реюньонцев (1200 штыков). Генеральный резидент Франции на Мадагаскаре Ларош был смещен со своего поста, и на его место был назначен генерал Галлиени, который приступил фактически к геноциду малагасийского народа. Так, Галлиени поучал своих офицеров: «Не следует забывать, что имеешь дело с дикарями, которых нужно дрессировать и приручать, как животных…»
В конце 1896 г. Галлиени сосредоточил большую часть французских войск в центральных районах острова, которые были поделены на шесть военных округов. Командующие округами должны были разбить воинские подразделения на небольшие отряды по 50 – 60 человек, в задачу которых входило создать непрерывную цепь, способную оттеснить повстанцев к границам Имерины. В каждый округ также направлялись войска, набранные среди малагасийцев путем принудительной мобилизации. Чтобы предотвратить возможность перехода малагасийских стрелков на сторону повстанцев, Галлиени широко применял принцип «разделяй и властвуй». Для подавления восстания мерина использовались подразделения, сформированные 1896 – 1897 гг. из бецимизарака и сакалава. А когда французы начали военные действия в областях, населенных сакалава, туда были переброшены войска, состоявшие из мерина.
Французы расправлялись с восставшими с невероятной жестокостью. Кровавые репрессии были направлены не только против самих повстанцев, но и против всех мирных жителей Имерины. Французские войска уничтожали запасы продовольствия, заливали водой рисовые поля, обрекая на голод районы, охваченные восстанием. Французские отряды прочесывали деревни и арестовывали всех, кто был заподозрен в сочувствии повстанцам. Очевидец рассказывал: «В Амбатоманга (центр одного из округов) прибывали лишь те, кого захватили якобы с оружием в руках. Им отрубали головы или расстреливали без допроса и без какого-либо суда… Вокруг деревни были расставлены колы с головами. Эти головы постоянно заменялись новыми, так как казнили почти ежедневно».
Репрессии не обошли стороной и малагасийскую знать. Так, в октябре 1896 г. были расстреляны несколько высших королевских чиновников, поддерживавших связь с повстанцами.
Французские войска получили приказ уничтожать все на своем пути, и в первую очередь урожай. Так в стране искусственно был вызван голод.
Особенно ожесточенное сопротивление французские войска встретили в стране сакалава, где в сентябре – октябре 1897 г. вспыхнуло восстание, продолжавшееся до марта 1900 г., а в отдельных районах – и до июля 1901 г. Галлиени писал: «В сентябре 1900 г. две обширные области оставались еще не подчиненными и даже не затронутыми проникновением. На востоке страны – лесная зона, идущая параллельно побережью вдоль границ провинций Фианаранцуа, Фарафангана, и округ Бара (от Икунгу на севере до округа Форт-Дофин на юге); на юге – страна Михафали и Антандруи. Эти области были не единственными, где умиротворение не было завершено».
В этих областях в течение всего 1901 г. французские войска вели ожесточенные бои с партизанскими отрядами.