Восстание в Неаполе 1647 года, во главе которого встал Томазо Аньелло, или Мазаньелло, в значительной степени стало реакцией на налоговые требования испанского правительства, которому отчаянно не хватало средств на войну, в частности поводом послужил налог на свежие фрукты. Раздоры среди самих неаполитанских мятежников, в результате которых Мазаньелло был убит, помогли испанцам в 1648 году вернуть город. Эти события легли в основу оперы Даниэля Обера «Немая из Портичи» (1828), в которой также происходит извержение Везувия.
В 1650-х годах Испания отвоевала Порто-Лонгоне и Пьомбино, разбила французов при Павии (1655) и одержала победу над союзным Франции герцогством Модена. В 1659 году в Пиренеи пришел мир, а испанская гегемония в Италии продолжалась. Об этом часто забывают, как и о роли Австрии в 1810–1840-х годах. Стойкость и жизнеспособность Испании была стержнем истории Италии в XVI, XVII и XVIII столетиях. Важную роль играла религия. Не случайно Испания смогла возродить свою власть в Италии, куда протестантизм не добрался, потому что в протестантских Нидерландах ее влияние постепенно сходило на нет.
Тем не менее небольшой военный конфликт в Италии все еще продолжался. В 1642–1644 годах Тоскана, Модена, Венеция и Парма объединились против папы Урбана VIII (1623–1644). Конфликт получил название «война Кастро» и, по сути, был попыткой оспорить ряд папских территориальных претензий. В центре борьбы оказалось герцогство Кастро, принадлежащее семье Фарнезе, на которое, ссылаясь на неуплаченные Фарнезе долги, претендовали папы из рода Барберини. Герцогство Кастро могло повысить династический статус Барберини. Таким образом, Урбан VIII продолжал давнюю традицию использования папства в личных и семейных интересах. Впрочем, войска папы были разбиты. Нам же подобные события показывают, что в тот исторический период ни о какой единой Италии просто не могло быть и речи. Ранее в 1608 году Тоскана взяла приступом крепость Питильяно, принадлежавшую семье Орсини.
В 1673 году Италия была вновь вовлечена в масштабное военное противостояние между Францией и Испанией, которое, впрочем, разворачивалось вокруг Нидерландов. В 1674 году Мессина начала восстание против испанского владычества на Сицилии. В 1675 году присоединились французы, однако помощь нидерландского флота помогла Испании подавить эти мятежи.
Король Франции Людовик XIV (пр. 1643–1715) избрал более удачную стратегию, выкупив в 1681 году крепость Казале у герцога Мантуи. Так, власть Франции вышла за обычные границы, очерченные Альпами, что позволило начать подготовку к нападению на испанский Милан. В 1689 году война с Испанией возобновилась, а в 1690 году Виктор Амадей II, герцог Савойи – Пьемонта (пр. 1675–1730), решил отказаться от французской опеки и вернуть себе Пинероло и Казале. В 1693 году французы одолели войска герцога в битве у Марсальи, что не помешало ему после длительной осады взять Пинероло. Узнав, что Австрия, Испания, Англия и Нидерланды могут заключить тайный союз против него, Виктор Амадей объединился с Людовиком. Он занял Казале, а французам позволил перебросить войска на другие фронты. При этом Франция лишилась Казале и Пинероло.
После кончины бездетного Карла II Испанского в 1698 году европейские монархи сели за стол переговоров, при этом итальянские территории были своего рода разменной монетой, а сами правители итальянских городов и герцогств в переговорах не участвовали. В соответствии с Гаагским договором 1698 года Испания, Сардиния, а также испанские владения в Новом Свете и Нидерландах отходили Иосифу Фердинанду Баварскому, который по материнской линии был правнуком Филиппа IV Габсбурга, в то время как Неаполь, Сицилия и военные крепости Тосканы отошли преемнику Людовика, а Милан – эрцгерцогу Карлу, второму сыну императора Леопольда I. Однако в 1699 году Иосиф Фердинанд после непродолжительной болезни умер. Поползли слухи о том, что он был отравлен австрийцами. В итоге был произведен новый раздел: в соответствии с Лондонским договором 1700 года французскому дофину Людовику полагались те же территории плюс Лотарингия, бывшая тогда независимым государством. Остальное получал эрцгерцог Карл. Ни император, ни испанцы на это не согласились, и Карл II уступил свою «долю» второму внуку Людовика – Филиппу, герцогу Анжуйскому, который впоследствии стал Филиппом V Испанским.
Тем временем Венеция оставалась на передовой противостояния с турками. Военный конфликт начался с завоевания турками венецианского Крита в 1645 году. Затем была долгая и трудная осада венецианской крепости Кандия, при этом туркам приходилось параллельно защищать свои торговые суда в Эгейском море от нападений венецианцев и их союзников – Папской области, Мантуи и Тосканы. Также Венеция и Турция постоянно мерялись силами в Далмации. В 1669 году Кандия пала. В последующей Великой турецкой войне 1684–1699 годов Венеция вновь противостояла Турции в Эгейском море и Далмации. По итогам войны республика получила весь Пелопоннес, который, впрочем, вновь уступила туркам 15 лет спустя.