Основным направлением внешней политики в середине XVI века стало восточное. В 1552 году было завоевано Казанское ханство, в 1556-м — Астраханское. Висковатый хотя и сопровождал царя в Казанском походе, но, по доносу немца-опричника Генриха Штадена, бывшего на службе в России, «был не прочь, чтобы крымский царь забрал Русскую землю, был расположен ко всем татарам и помогал им». Сам царь обвинял Висковатого в том, что он «ссылался с Крымом и наводил на Русь бусурманство».
Глава Посольского приказа уделял особое внимание отношениям России с Западной Европой. Во второй половине XVI века Россия, не имевшая выхода к Балтийскому морю, поддерживала связь с Европой через Белое море.
В 1553 году Иван IV пригласил англичан в Москву. После пышного приема английский посланник Ричард Ченслер получил дружественную грамоту для короля Эдуарда VI.
Через два года Ченслер вновь приехал в Россию с двумя агентами торговой компании. После официального приема переговоры с ними вел Висковатый совместно с лучшими московскими купцами.
Иван Михайлович понимал значение торговых связей России с Англией. В результате его стараний англичане получили льготную грамоту со множеством привилегий.
В благодарность за это король Филипп, сменивший на престоле Эдуарда VI, разрешил русским подданным так же свободно и беспошлинно торговать в Англии, причем брал их под свое покровительство.
Был разрешен свободный въезд в Россию художников, ремесленников, различных мастеров, медиков, рудознатцев. Дружественные дипломатические связи России с Англией, выгодная торговля, военная и экономическая помощь продолжались вплоть до второй половины XVII века. Основа столь прочного союза была заложена Висковатым.
Для установления широких экономических связей с передовыми странами Западной Европы нужен был выход в Балтийское море. Этому мешали Польша, Литва и ливонский орден.
Господства на Балтийском море также добивались Швеция и Дания. Особенно досаждала Москве Ливония. Ливонские купцы стремились держать в своих руках все торговое движение, не пускали русских людей к морю, а иностранцев в Россию.
В 1558 году русские войска вошли в Ливонию, и началась война, затянувшаяся на 25 лет. С первых же дней войны в правительстве образовались две партии.
Любимец царя Адашев и его окружение считали необходимым продолжать военные действия на юге с крымскими татарами и Турцией. Московское дворянство вместе с начальником Посольского приказа Висковатым ратовало за продолжение Ливонской войны.
Дворянство рассчитывало на новые поместные раздачи земель и расширение торговли со странами Восточной и Западной Европы. Победное завершение войны в Ливонии было совсем близко, но Адашев, руководивший войсками, не воспользовался благоприятным моментом, и вскоре наступление приостановилось.
Успехи русских войск в Прибалтике встревожили Литву, Польшу, Швецию и Данию, также претендовавших на Ливонское наследство. Они попытались дипломатическим путем прекратить вспыхнувшую войну.
Основную роль в заключении перемирия 1559 года сыграло посредничество датского короля, приславшего для переговоров посольство в Москву.
Во время переговоров Висковатый решительно заявил, что Дания не должна была принимать жалобы ливонцев, подданных московского государя. По мнению дьяка, обратившись к иностранным государствам, ливонцы уподобились неверным слугам, которые, украв имущество своего господина, продают его имущество другому.
Он говорил, что московские государи не привыкли уступать, кому бы то ни было покоренные ими земли; они готовы на союз, но только не для того, чтобы жертвовать своими приобретениями.
Висковатый надеялся, что его решительность поможет Москве отстоять свои интересы в Прибалтике и вынудит европейские державы признать русские завоевания, сделанные в первые годы ливонской войны. Однако добиться успеха дипломатическим путем не удалось; ситуация складывалась неблагоприятно для Московского государства.
В 1562 году русское командование приступило к крупным военным операциям против Литвы. В походе участвовал и Иван IV. При царе находилась посольская походная канцелярия, которую вместо Висковатого возглавлял дьяк Андрей Васильев.
Оставшись в Москве, Висковатый принял датское посольство. В результате был принят проект договора, по которому Дания отказывалась принимать участие в военных действиях против России.
Чтобы обратить все силы против Литвы, Висковатый предпринял по тем временам достаточно неожиданный для человека его звания и чина шаг.
12 августа 1562 года он выехал сам в Данию для подтверждения договорной записи. Благодаря успешным переговорам были заключены союзный договор с Данией и 20-летнее перемирие со Швецией. Ливонская война продолжалась с переменным успехом.
В 1566 году в Москву прибыло великое польское посольство для ведения переговоров о заключении мира. Польские дипломаты не желали уступать России морской порт Ригу, а русские Польше — Полоцк и Смоленск.