Старые бояре, привыкшие запросто обходиться с великим князем, скоро заметили, что он начал держать их в почтительном отдалении, сделался строг и взыскателен; приписав такую перемену Софье, они стали питать к ней сильное нерасположение, которое обнаружили особенно по поводу вопроса о престолонаследии. От первой супруги великого князя Марии тверской у него был сын Иоанн Молодой, который считался наследником московского престола и принимал уже деятельное участие в делах правления, но вдруг он занемог и скончался, к великому огорчению отца и народа (1490). От его брака с Еленою, дочерью молдавского господаря, остался сын Димитрий. Тогда был поднят вопрос о том, кому наследовать престол: Димитрию или Василию (старшему сыну Софьи Фоминишны)? Бояре, враждебные греческой царевне, приняли сторону первого; они обвиняли Василия с матерью в неприязненных замыслах против великого князя и так успели настроить Иоанна, что он велел заключить под стражу сына, удалил от себя Софью и торжественно венчал внука Димитрия на великое княжение (1498). Но спустя несколько времени обнаружились происки бояр, что навлекло на них гнев великого князя; особенно пострадали при этом случае две знатные фамилии — князья Патрикеевы и Ряполовские: первых постригли в монахи, а одному из Ряполовских отрубили голову. Иоанн помирился с Софьей, объявил наследником Василия, а внука посадил под стражу.
В связи с этими семейными раздорами и придворными партиями появилась в Москве так называемая жидовская ересь, отвергавшая учение о Святой Троице, почитание икон, святых и т. п. Эта ересь сначала обнаружилась в Новгороде (и, по некоторым известиям, будто бы была привезена с юга, из Киева, жидом Захарием, но в Новгороде и прежде существовала подобная же ересь стригольников). Из Новгорода вместе с некоторыми духовными лицами ересь перешла в Москву. Тут в числе ее тайных последователей были архимандрит Симонова монастыря Зосима, который пользовался благосклонностью Иоанна III и даже был возведен в сан митрополита, потом Елена, невестка великого князя, и его любимый дьяк Федор Курицын. Архиепископ новгородский Геннадий первый открыл гонение на ересь; с ним соединился основатель Волоколамского монастыря красноречивый Иосиф Санин, который написал против еретиков многие обличительные проповеди. (Собрание их известно под именем «Просветителя».) Между тем как партию еретическую поддерживала при дворе Елена, жена Иоанна Молодого, православная партия нашла опору в Софье. Долго великий князь не принимал решительных мер против ереси и только в 1504 году, уже по смерти Софьи, созвал духовный собор, после которого одни из уличенных в ереси были всенародно сожжены в клетке, другим отрезали языки, многих заключили в тюрьму или разослали по монастырям. Ересь, однако, не уничтожилась.[47]
Брак с Софьею способствовал возобновлению сношений между Россией и Западной Европой, прекратившихся (за исключением Новгорода) во время монгольского владычества. Иоанн начал заботиться об украшении своей столицы каменными зданиями и с этой целью выписал из Италии разного рода художников и мастеров; самым известным между ними сделался архитектор Аристотель Фиоравенти, строитель московского Успенского собора. В то же время были построены каменные соборы Архангельский и Благовещенский, каменный великокняжеский дворец, Грановитая палата (служившая для торжественных придворных церемоний), новые стены с красивыми башнями около Московского Кремля и каменные крепости в некоторых других городах. Кроме того, иностранные мастера лили пушки, открыли серебряную руду в Печорском крае, чеканили монету и пр.[48]
Начались и дипломатические пересылки московского правительства с европейскими дворами. Так, Иоанн менялся посольствами с венгерским королем и германским императором, которые искали союза Москвы против Польши и Турции; с Данией завязались сношения вследствие общей вражды против Швеции; с Венецией и турецким султаном великий князь сносился ради торговых интересов. На печатях великокняжеских при Иоанне появляется двуглавый орел — герб византийских царей (а прежде встречается по преимуществу изображение Георгия Победоносца). Под влиянием византийских преданий в эту эпоху у московских книжников стало слагаться представление о Москве как третьем Риме, т. е. начали считать ее преемницею Константинополя или второго Рима.СУДЕБНИК