Высаженные в Крыму 51–ю и 44–ю армии план командующего Кавказским фронтом предполагал использовать для надежного отсечения немецких войск в районе Севастополя от Перекопа. Первая должна была «в составе четырех сд, двух стрелковых бригад, усиленная двумя ап АРГК, двумя инжбатами, одним понтонным батальоном, развивает наступление за мехгруппой. В дальнейшем переходит к обороне [района] Чонгар, Перекоп и не допускает подхода свежих сил [противника] в Крым». Вторая «в составе трех сд, усиленной одним ап АРГК, одним инжбатальоном, ударом в направлении Владиславовка, Симферополь не допустить отхода крымской группировки противника на север от Севастополя». 9–й стрелковый корпус должен был наступать вдоль побережья, а 47–я армия в составе двух стрелковых дивизий обеспечивала оборону побережья. Одновременно предполагалось заставить распылить силы противника по периметру Крымского полуострова высадкой морских десантов в Алушту, Евпаторию и Геническ.
Директивой Ставки ВГК № 170005 от 2 января 1942 г. план был утвержден. Д.Т. Козлову предписывалось всемерно ускорить подготовку наступления и быстрее перебазировать на Керченский полуостров авиацию.
Позднее командующий 11–й армией Э. фон Манштейн упрекал советское командование в нерешительных действиях, которые якобы спасли его армию от разгрома:
«Если бы противник использовал выгоду создавшегося положения и быстро стал бы преследовать 46 пд от Керчи, а также ударил решительно вслед отходившим от Феодосии румынам, то создалась бы обстановка, безнадежная не только для этого вновь возникшего участка Восточного фронта 11 армии. […] Но противник не сумел использовать благоприятный момент. Либо командование противника не поняло своих преимуществ в этой обстановке, либо оно не решилось немедленно их использовать»[34]
.Однако почему-то Манштейн не высказывает такие же упреки самому себе в отношении подготовки и проведения штурма Севастополя в декабре 1941 г. Именно задержки в сосредоточении немецких войск вследствие погодных условий и плохого состояния дорог привели к позднему началу штурма города и его неуспеху в связи с началом высадки советских войск в Феодосии и Керчи. Те же причины вызвали задержку с началом реализации амбициозного плана с перехватом выхода из Крыма.
Упреки Манштейна в отсутствии у советских войск плана «смелой глубокой операции» выглядят на фоне утвержденного Ставкой ВГК замысла наступления Кавказского фронта просто смешно. Однако на пути реализации этого плана возник ряд сложностей. Со 2 по 5 января на Черном и Азовском морях свирепствовал жесточайший шторм, из-за которого транспорты не могли выходить из Новороссийска и входить в Феодосийский порт. Только 5 января суда пошли нормально.
6 января снегопады и морозы сменились в Крыму оттепелью, начались дожди. Лед пролива покрылся водой, и переправа по льду перестала существовать. Дороги развезло. Подвоз боеприпасов, горючего и продовольствия почти прекратился. Высаженные части не могли развивать наступление, поскольку части не имеют тылов для подвозки боеприпасов и других видов снабжения. Все эти сложности задерживали начало наступления Кавказского фронта на перехват коммуникаций армии Манштейна. В ходе переговоров с И.В. Сталиным и А.М. Василевским 5 января 1942 г. Д.Т. Козлов назвал датой возможного начала наступления период 13–16 января.
Вследствие зависимости от перевозок по морю, льду и раскисшим дорогам Керченского полуострова Кавказский фронт проигрывал развертывание войск для грядущего сражения за Крым 11–й армии. С запада к Феодосии двигались снятые с периметра блокады Севастополя 170–я и 132–я пехотные дивизии. Их сосредоточение заняло две недели, потраченные советскими войсками на преодоление трудностей снабжения и сосредоточения войск.
Немецкое командование всегда обращало много внимания на вопросы логистики и снабжения и потому стремилось удерживать важные узлы коммуникаций и, соответственно, отбирать такие узлы у противника. Оправившись от шока высадки советских войск в Крыму, Манштейн начал сосредоточение войск для удара по Феодосии. Несмотря на сложности с прикрытием с воздуха (они стоили потопления 4 транспортов, повреждений еще двух и крейсера «Красный Кавказ»), Феодосия много значила для снабжения войск Кавказского фронта.