В первую очередь Манштейном были сняты с периметра блокады Севастополя 170–я и 132–я пехотные дивизии. Из резерва группы армий «Юг» в Крым был переброшен 213–й пехотный полк 73–й пехотной дивизии. Теоретически группа армий «Юг» могла перебросить больше, но в этот же период началась Барвенковско-Лозовская операция Юго-Западного и Южного фронтов, и дальнейшие рокировки войск в Крым остановились. К 15 января все было готово к наступлению на Феодосию. Манштейном были сосредоточены 170, 132 и 46–я пехотные дивизии, 213–й пехотный полк и румынская горная бригада. Им противостояли не завершившие выгрузку в Крыму войска 44–й и 51–й армий: 224–я стрелковая дивизия без артиллерии, два полка 390–й стрелковой дивизии, не полностью 396–я стрелковая дивизия, один полк 398–й стрелковой дивизии, 236–я и 63–я стрелковые дивизии. Проблемой советских войск была их растянутость по фронту при неготовности к наступлению. Им нужно было перекрывать фронт от Азовского моря до Феодосии. Сильный удар по любому участку фронта мог привести к катастрофе.
Немецкое наступление началось 15 января, и к 18 января немцы полностью заняли Феодосию. Немцами было заявлено о захвате 10 тыс. пленных, 177 орудий и 85 танков. Под ударами войск Манштейна 44–я армия была вынуждена отойти. Был тяжело ранен командующий армией генерал А.Н. Первушин, погиб член Военного совета А.Г. Комиссаров, контужен начальник штаба полковник С.Е. Рождественский. В командование армии вступил генерал И.Ф. Дашичев.
Командующий Кавказским фронтом Д.Т. Козлов отдал приказ отойти на Парпачский перешеек, на так называемые Ак-Монайские позиции. Такое решение было вполне объяснимо: узкий Парпачский перешеек позволял создать фронт достаточной плотности и прочности для хотя бы временной стабилизации обстановки.
Столкнувшись с кризисом в организации наступления в Крыму, Ставка ВГК направила в Крым своих представителей — армейского комиссара 1–го ранга Л.З. Мехлиса и заместителя начальника Оперативного управления Генерального штаба генерал-майора П.П. Вечного. Колесивший по разным фронтам с самого начала войны Лев Захарович Мехлис был своего рода «глазами и ушами» Верховного Главнокомандующего в войсках. По причине отсутствия навыков в этой области Мехлису не ставились задачи по управлению войсками. Он занимался формированием частей, осуществлял надзор и психологический нажим на высший командный состав. Все прекрасно знали, что Л.З. Мехлис имеет прямое отношение к аресту и последующему расстрелу командования Западного фронта (Д.Г. Павлова, В.Е. Климовских и других) в июле 1941 г., и поэтому угрозы, к которым часто прибегал армейский комиссар, не считали пустым звуком. Однако назначение Л.З. Мехлиса «глазами и ушами» в Крым было существенным кадровым просчетом. Волевые и профессиональные качества Д.Т. Козлова оставляли желать лучшего, и под нажимом энергичного до фанатизма Мехлиса он окончательно растерялся.
Буквально сразу по прибытии в Крым Л.З. Мехлис заявил А.М. Василевскому: «Мы закатим немцам большую музыку». Впрочем, «закатывание музыки» началось с «материализации духов и раздачи слонов» командованию Крымского фронта за потерю Феодосии. В приказе войскам фронта № 12 от 23 января 1942 г. были проанализированы причины неудач боев 15–18 января. Были названы имена виновных: «позорно бежавшего в тыл» командира 9–го стрелкового корпуса И.Ф. Дашичева, к тому времени уже арестованного, командира 236–й стрелковой дивизии комбрига В.К. Мороза, командира 63–й горнострелковой дивизии П.Я. Цендзеневского (остался командовать дивизией до самого конца обороны Керченского полуострова) и других. Помимо кнута были и пряники: по просьбе Л.З. Мехлиса фронту были отпущены 450 ручных пулеметов, 3 тыс. пистолетов-пулеметов ППШ, 50 минометов калибром 82 мм и 120 мм, два дивизиона реактивных минометов М–8. Были обещаны танки Т–34 и КВ. Уже 24 января Мехлис добивается назначения нового командующего авиацией фронта — генерал-майора авиации Е.М. Николаенко. К тому моменту на аэродромах полуострова скопилось 110 неисправных самолетов, в результате в день производилось не более одного самолетовылета. В Крым по настоянию Л.З. Мехлиса был направлен начальником штаба 51–й армии командир 163–й стрелковой дивизии полковник Г.П. Котов.
Захват Феодосии вынудил советское командование перестроить свои планы и вместо наступления на перехват коммуникаций 11–й армии у Перекопа и Симферополя нацелить 51–ю и 44–ю армии на окружение и разгром феодосийской группировки противника с одновременной высадкой десанта в порту Феодосии. Впервые этот план был озвучен в докладе Д.Т. Козлова от 25 января. В целях упрощения управления войсками 28 января Кавказский фронт был разделен на Крымский фронт и Закавказский военный округ. Командующим Закавказским округом назначили «героя» Умани И.В. Тюленева, командующим Крымским фронтом — Д.Т. Козлова.