Иоанн VIII хотя и добился освобождения Мефодия, но богослужение «на варварском, то есть славянском, языке» запретил. Между тем Мефодий настойчиво переводит все необходимые для богослужения тексты. Им, в частности, была переведена большая часть Библии (перевод этот не сохранился), переводились проповеди «отцов церкви», сборники юридических наставлений, очевидно, для священников, не знавших латинского и греческого языков. Из последующих событий видно, что он продолжал вести службы на славянском языке и надеялся добиться восстановления некогда полученного от Адриана II разрешения.
Потерпев неудачу в бесхитростной попытке физически устранить славянского архиепископа и таким образом отобрать у него кафедру, немецкое духовенство перешло к планомерной осаде, настраивая против Мефодия славянскую знать, в том числе самого Святополка, а также засыпая Рим доносами на еретическое направление проповедей руководителя епархии. Святополк в течение нескольких лет совершил несколько крутых поворотов. В 873 году он изгнал немецкое духовенство, в 874 году призвал его вновь, настаивал на выделении особой епархии для Вихинга — непосредственного преследователя Мефодия. Князь возмущался даже тем, что в церкви ведется служение на славянском языке. О таком поведении князя существуют разные догадки, предполагается личный конфликт его с Мефодием, который, конечно, требовал от князя христианского поведения. Но дело, очевидно, не только в личных отношениях. Повсеместно княжеская власть по мере отдаления от своего народа стремится заручиться поддержкой пап или патриархов как раз против стесняющего ее народа.
В доносах на Мефодия на первом месте все-таки стояло обвинение в ереси, и именно в арианстве. В 879 году по этому обвинению его вызывали в Рим, где он должен был в присутствии папской курии прочитать «Символ веры». Обвинение предполагало вовсе не добавку «филиокве». В это время Рим ее не только не принимал, но осуждал тех, кто самовольно вносит ее в символ. В том же 879 году папские легаты специально говорили об этом на созванном Римом VIII Вселенском соборе, подтверждая приверженность никео-цареградскому Символу в редакции собора 787 года.
Если жалобы немецкого духовенства можно понять, поскольку самостоятельность славянской церкви означала для них потерю весомых доходов, то позицию Святополка труднее объяснить только личными претензиями к Мефодию. А князь возвел на архиепископа примерно те же обвинения. «Мы очень удивлены, — писал в ответе Святополку папа Иоанн VIII, — что Мефодий иначе учит, чем он то исповедовал устно и письменно перед апостольским престолом».
Мефодию удалось оправдаться. Более того, в 880 году Иоанн VIII разрешил исполнение богослужения на славянском языке. Чем был вызван такой поворот в настроениях папы — остается неясным. Видимо, сказывалось влияние какой-то конкретной ситуации, когда папа был заинтересован в поддержке как раз против немецкого духовенства. Именно булла «Индустриэ туэ» от июня 880 года позднее неоднократно использовалась папами для обоснования идеи о покровительстве курии миссии Кирилла и Мефодия, и в связи с ее тысячестолетием глава римской церкви Иоанн-Павел II провозгласил солунских братьев «сопокровителями Европы». Но уже через пять лет, в 885 году, папа Стефан V забрал назад только что сделанную уступку, потребовав совершения богослужения только на латинском языке и допуская лишь толкование текстов Писания в проповедях славянской речью.
В Житии Мефодия сказано, что пастырь ушел из жизни, успокоенный разрешением каких-то недоразумений с «цесарем» (Василием Македонянином) и устранением всех обвинений в его адрес, назначив преемником своего ученика Горазда. На самом деле обстановка была далеко не так спокойна, как хотел представить автор Жития. Повороту в позиции Рима предшествовали новые бурные события в жизни моравской церкви в 884 году. Снова немецкое духовенство обвиняло Мефодия в ереси, снова их сторону принял Святополк. Встречное обвинение немецкого духовенства в «хиопаторской ереси» (то есть отождествлении двух первых лиц Троицы в результате прибавки «филиокве») на сей раз не сработало. И умер Мефодий при обстоятельствах далеко не ясных. Автор Жития не называет даже города, в котором был похоронен поборник славянского богослужения. А в римской традиции его кончина воспринималась как «наказание» за ересь. На соборе 1059 года вспоминали, что Мефодий погиб «как безбожный Арий».
Обвинение в арианстве будет устойчиво следовать за Мефодием в течение нескольких столетий. Папа Иоанн X (914–928) в послании сплитским епископам призывает протестовать против ложного учения, связываемого с именем Мефодия. Мефодия клеймят как еретика в далматинских синодальных постановлениях X–XI вв. При этом, по крайней мере, в Хорватии в период с 925 по 1248 год славянское богослужение запрещалось как арианское.