В течение осени – зимы 1943/1944 г. Карпов решал первоочередную для себя задачу – сформировать центральный аппарат Совета и его уполномоченных на местах. В состав членов Совета по делам Русской православной церкви, кроме его председателя Г. Г. Карпова, входили четыре человека: заместитель председателя, два члена и ответственный секретарь. Кандидатуры на эти посты утверждались непосредственно Совнаркомом по представлению Карпова. Отметим, что посты председателя и заместителя председателя Совета относились к номенклатурным должностям и их утверждение проходило на заседании Секретариата ЦК ВКП(б).
Штат центрального аппарата Совета – референтский, инструкторский и обслуживающий персонал – формировался усилиями отдела кадров Управления делами Совнаркома. В 1944 г. в аппарате работали 25–27 человек, примерно 60— 70 % от утвержденного штатного расписания. Медлительность, с которой шел процесс заполнения вакансий, объясняется отсутствием необходимого числа подготовленных кадров. Методом проб и ошибок складывалась и структура центрального аппарата.
По мнению Карпова, в Белоруссии и на Украине, где действовало значительное число церквей и была чрезвычайно сложной религиозная ситуация, следовало бы непосредственно при Совнаркомах образовать Советы по делам Русской православной церкви, а в остальных регионах учреждать должности уполномоченных союзного Совета при обл(край)исполкомах. Предложение о союзных Советах принято не было, и повсюду вводились должности уполномоченных Совета при исполнительных органах власти. В первоочередном порядке уполномоченные назначались в области, освобождаемые от временной немецко-фашистской оккупации, и приоритет при выборе кандидатур отдавался сотрудникам чекистских органов. К подбору кадров привлекались и местные партийные органы. Процесс был медленным, сложным, поскольку кадров соответствующей квалификации не хватало. Подчас Карпов сталкивался с нежеланием или нерасторопностью органов власти на местах, а то и намеренной волокитой в деле подыскания кадров для назначения на должность уполномоченных. Отсюда постоянные «грозные» телеграммы Совета в адрес советских органов и жалобы в партийные инстанции. Отметим, что организационное и материальное обеспечение уполномоченных по сравнению с другими работниками соответствующих советских органов было явно ущемленным. Все это приводило к текучести кадров среди уполномоченных, сказывалось на авторитете Совета в целом и его деятельности по нормализации государственно-церковных отношений.
Согласно положению о Совете, его уполномоченные «наблюдали» за правильным и своевременным проведением в жизнь постановлений правительства и других указаний, касающихся деятельности церкви; «представляли» заключения в СНК СССР по вопросам компетенции Совета; «вели» общий учет молитвенных зданий. В соответствии с этим на уполномоченных в республиках, краях и областях СССР возлагались установление связей с епархиальными архиереями и благочинными; регистрация духовенства, церковнослужителей и другого обслуживающего персонала; рассмотрение заявлений верующих об открытии (закрытии) культовых зданий и регистрации религиозных обществ и подготовка необходимой документации в центральный аппарат Совета; учет и регистрация всех действующих и недействующих православных церквей и молитвенных домов; информирование Совета о деятельности религиозных объединений и местных органов власти по соблюдению законодательства о религиозных культах; реализация и контроль за исполнением принимаемых Советом решений.
Из архивных материалов усматривается, что порядок в проведении этой работы устанавливался чрезвычайно трудно. Многими уполномоченными эти правила нарушались. Не случайно, рассматривая на своих заседаниях итоги поездок инспекторов в Горьковскую, Курскую, Молотовскую, Пензенскую, Ярославскую и некоторые другие области в первом квартале 1944 г., Совет отмечал, что учет церквей и культового имущества находится в неудовлетворительном состоянии, заявления верующих о регистрации общин не рассматриваются в срок и надлежащим образом, не налажен учет духовенства.
От уполномоченных Совета требовалось ежеквартальное предоставление отчетов о состоянии религиозных объединений и практике деятельности органов власти. Уже их первая информация в Совет свидетельствовала о постепенном возрождении религиозной жизни на территории СССР, в том числе и в ранее оккупированных районах. Уполномоченные сообщали о количестве заявлений верующих об открытии церквей, ходе и результатах их рассмотрения местными властями, об отношении духовенства и верующих к новому церковному курсу государства, о конфликтных ситуациях на местах, фактах администрирования в отношении религиозных общин, патриотической деятельности духовенства и верующих.