Сергий взывал к патриотическим чувствам студенчества, к пробуждению в них устремленности к идеалам служения ближним, общему благу, стремления к истине, добру и красоте. Он призывал возгревать в себе религиозный и научный энтузиазм, интерес к духовной школе и знаниям, получаемым здесь. Конечно, не только студенчество нуждалось во внимании ректора, но и преподавательская корпорация, которая обсуждала вопросы реорганизации духовной школы, автономии Академии. Тем более что среди преподавателей было много бунтовавших «молодых сил» – иеромонах Михаил (Семенов), впоследствии перешедший в старообрядчество, Борис Титлинов, в дальнейшем ставший крупным обновленческим деятелем, и другие.
Откликнулся Сергий и на потрясшие Россию события Кровавого воскресенья 9 января 1905 г. Одну из проповедей он завершил следующими словами:
А в церковных кругах заговорили о вероисповедных реформах, свободе совести, Поместном соборе, восстановлении патриаршества. И это вполне объяснимо, ибо нельзя было уже не замечать произвола и диктата, гонений и преследований, творившихся в духовной сфере. Видный российский юрист М. Рейснер, размышляя в эти годы о «законности и порядках» в отношении к различным религиозным организациям со стороны власти и о царивших повсеместно произволе и административном диктате, писал: