Под началом председателя Комитета министров С. Ю. Витте в течение января – марта 1905 г. участники Особого совещания обсуждали содержание и направленность вероисповедной реформы, признавая необходимость скорейшего принятия особого указа, посвященного упрочению в России свободы вероисповедания. К разработке указа был привлечен первенствующий член Святейшего синода митрополит Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский). Он не возражал против расширения прав и свобод старообрядческих, сектантских и иноверных организаций и обществ, но считал, что это повлечет за собой «умаление» интересов и прав Православной церкви, и потому предлагал рассмотреть и ее положение. В поданной им записке под названием «Вопросы о желательных преобразованиях и постановке у нас Православной церкви» предлагалось ослабить «слишком бдительный контроль светской власти», разрешить свободно приобретать имущество для нужд православных обществ, «дозволить» участие иерархов в Государственном совете и Комитете министров. Эти и другие предложенные им меры должны были, давая «свободу» церкви, упрочить ее союз с государством[58].
Записка митрополита не понравилась С. Ю. Витте. Стремясь максимально прояснить позицию правительства в отношении как характера и пределов церковных реформ, так и ожидаемых от Церкви шагов, он составил и внес на обсуждение совещания свою записку «О современном положении Православной церкви». В ней без обиняков предлагалось церкви освободиться от таких присущих ей «пороков», как «вялость внутренней церковной жизни», «упадок» прихода, «отчуждение» прихожан от священников, бюрократизм церковного управления. Особо подчеркивалась неподготовленность православного духовенства к борьбе с «неблагоприятными церкви умственными и нравственными течениями современной культуры», тогда как государству нужна от духовенства «сознательная, глубоко продуманная защита его интересов». Витте не только не отрицал значимость союза церкви и государства, но считал, что обе стороны кровно заинтересованы в нем. Но следовало, по его мнению, изменить условия этого союза так, чтобы «не ослаблять самодеятельности ни церковного, ни государственного организма». И если для государства это означало реформирование правовой основы государственно-церковных отношений, то для Церкви – реформы ее внутренней жизни, содержание и характер которых должны были быть обсуждены и приняты на Поместном соборе.
Правда, в правительственном лагере и в среде православной иерархии было немало и тех, кто отрицал необходимость расширения религиозных свобод, всячески стремился приостановить ход вероисповедных реформ. Одним из них был обер-прокурор Святейшего синода К. П. Победоносцев. В своих воспоминаниях Витте писал: «Когда приступили к вопросам о веротерпимости, то К. П. Победоносцев, придя раз в заседание и увидев, что митрополит Антоний выражает некоторые мнения, идущие вразрез с идеей о полицейско-православной церкви, которую он, Победоносцев, двадцать пять лет культивировал в качестве обер-прокурора Святейшего синода, совсем перестал ходить в Комитет и начал посылать своего товарища Саблера»[59].