Передохнув два дня, крестоносцы, теперь уже не распыляя свое войско, 3 июля отправились дальше - на Иконий, затем двинулись к югу - в Ираклию. Переход через горные, пустынные, подчас безлюдные местности при палящей июльской жаре совершался с большим трудом. Крестоносцев изнурял зной. Сельджуки всячески препятствовали их продвижению - разрушали мосты через реки, приводили в негодность колодцы, опустошали поля, население попутных городов и деревень изгоняли. Рыцарям и сопровождавшим их беднякам недоставало продуктов питания, и что ощущалось особенно мучительно, воды. Из-за ее нехватки гибли кони. Некоторым рыцарям, несмотря на их тяжелую экипировку, пришлось спешиться, другим - пересесть на волов, а снаряжение погрузить в повозки, в которые запрягали козлов, овец и даже собак.
О тяготах крестоносцев во фригийской пустыне выразительно рассказал Альберт Аахенский, нарисовавший жестокие муки, которые переносили от жажды мужчины и женщины. Хронист описал происходившие сцены в грубо натуралистических тонах: "Многие беременные женщины, с запекшимися губами и пылавшими внутренностями, с сосудами всего тела, истомленными от невыносимого жара солнечных лучей и раскаленной почвы, разрешались на виду у всех и бросали новорожденных на том же месте... Иные несчастные, оставаясь подле тех, кого они произвели на свет, корчились на проезжей дороге, забыв всякий стыд и все сокровенное, от ужасных страданий, причиняемых упомянутой жаждой... Посреди равнины валялись мертвые и полуживые младенцы... Мужчины, изнемогая от обильного пота и чрезмерной жары, еле шли с раскрытыми ртами и хватали прозрачнейший воздух, дабы уменьшить жажду". От нее умирали не только люди, но околевали и "соколы и другие ловчие птицы, составлявшие утеху знатных и благородных, прямо в руках несших их; и даже собаки, приученные к достославному охотничьему искусству, подыхали таким же образом от мук жажды в руках своих хозяев".
Нелегко приходилось в такой обстановке греческим проводникам: их все больше подозревали в предательстве.
15 августа 1097 г. крестоносцы достигли Икония (спустя несколько лет он станет столицей сельджукского султаната). Здесь была сделана остановка на неделю: крестоносцев стали косить болезни. Оазис, который являла собой эта местность, вполне подходил для отдыха и восстановления сил ратников. Затем армия пустилась в дальнейший путь. Близ Ираклии Боэмунд нанес еще одно поражение сельджукским эмирам, войско которых вновь поджидало здесь крестоносцев, видимо, в расчете на то, что удастся заставить их свернуть в горы Тавра - в этом случае владения самих сельджуков остались бы не затронутыми нашествием франков. Смелый натиск Боэмунда рассеял эти намерения: сельджуки вторично отступили. Одержав победу возле Ираклии, военачальники позволили себе небольшую передышку и решили поохотиться.
В сентябре главные ополчения крестоносцев направились от Ираклии на северо-восток Малой Азии, через Кесарию и Коману, чтобы, обойдя горную цепь Антитавра, выйти к Марашу. Этот путь рекомендовал командующий византийским отрядом Татикий. Он преследовал цели, продиктованные политическими интересами империи: попытаться вернуть под ее власть армянских князей, которые лишь номинально числились в вассальном подчинении далекого от них Константинополя. Главари крестоносцев последовали совету Татикия, поскольку указанная им дорога была все же менее опасной по сравнению с другой, хотя и более короткой, проходившей горами Тавра и ведшей через киликийские и сирийские горные проходы прямо в долину Оронта, к Антиохии. Это была очень узкая и в дождливое время года труднодоступная трасса. К тому же местности, по которым она проходила, находились во власти сельджуков, тогда как в областях, отправиться по которым советовал Татикий, жили армяне, христиане по вероисповеданию.
Некоторым крестоносцам совет византийского командира пришелся не по вкусу: они помнили коварство Алексея Комнина при взятии Никеи и, постоянно подозревая греков в новых изменах, принялись действовать по-своему. Приблизительно 10 сентября Танкред с сотней норманнских рыцарей и двумястами пеших воинов отделился у Ираклии от главной армии, покинул ее лагерь и круто повернул на юг, к Киликийским воротам. Несколькими днями позже его примеру последовали Бодуэн Булонский, Бодуэн Ле Бург и другие лотарингские рыцари, примерно 500 всадников, вместе с которыми отправилось еще и около 2 тыс. пехотинцев.