После смерти Феодора II в 1258 г. на престоле Никеи оказался его 8-летний сын Иоанн IV Ласкарь. Коннетабль Никеи Михаил Палеолог, родственник Иоанна Ватаца, «буйный интриган и бесчестный лицемер, но способный офицер», в 1259 г. разгромил при Кастории в западной Македонии объединенную армию короля Манфреда Сицилийского, побочного сына Фридриха II, эпирско-го деспота Михаила и Гийома де Виллардуэна, князя Ахайи. После этого Михаил Палеолог приказал убить в церкви опекуна малолетнего императора и сам стал сначала опекуном, затем соимператором под именем Михаил VIII, а под конец вообще отстранил ребенка от престола.
В марте 1261 г. император Михаил VIII заключил в Нимфее договор с Генуей, предоставивший генуэзцам такие же богатые привилегии, как ранее венецианцам. Договор был фактически направлен против Венеции. Генуэзцы обещали поддержать Михаила в его борьбе за Константинополь. В 1261 г. император Михаил послал во Фракию кесаря Алексея Стратегопула воевать с болгарским царем Константином Техом, не признававшим его верховную власть. С ним было 800 человек конницы и столько же пехоты. На Галлиполийском полуострове, где Алексей высадился, к нему присоединились несколько тысяч греков и половцев. От них он узнал, что французско-венецианские войска Константинополя, используя продолжавшееся перемирие с Никеей, отправились за 60 километров на кораблях завоевать город Дафнусий на черноморском берегу. С помощью жителей небольшому отряду никейцев удалось ночью проникнуть, как говорили, через канализационную трубу в город и открыть армии городские ворота. Сопротивление оставшихся латинцев было подавлено, Бодуэн II, забыв знаки императорской власти, малодушно бежал на Эвбею, затем в Морею, а оттуда в Италию. Чтобы противостоять возвратившемуся франкскому флоту и 6-тысячной армии, греки подожгли латинские кварталы. Прибывшие латинцы принялись спасать родственников, затем вместе с ними бежали на корабли, и вскоре большинство из них покинуло город. 15 августа 1261 г. Михаил VIII торжественно въехал в город и вторично короновался в соборе Святой Софии. Иоанн IV Ласкарь был ослеплен. Столица была перенесена из Никеи в Константинополь.
Вместе с падением Константинополя в 1261 г. пало и венецианское единовластие в восточном Средиземноморье. На основе Нимфейского договора возникло генуэзское колониальное государство с центрами Пера на Босфоре, Кафа (Феодосия) на Черном море и Азов на Азовском. Война между Венецией, Генуей и Пизой закончилась в 1270 г. Кремонским перемирием. Однако во второй половине 70-х гг. XIII в. война Генуи с Венецией возобновилась и продолжалась более 100 лет. Таковы были последствия войны за святого Савву, войны за маленький монастырь в Акре.
Император Бодуэн II обратился за помощью сначала к королю Манфреду Сицилийскому, а после его смерти к его врагу и победителю Карлу Анжуйскому, выдавшему свою дочь Беатрису замуж за императорского сына Филиппа. Страх перед Карлом заставил Михаила VIII вести переговоры с Климентом IV и Григорием X, со своей стороны опасавшихся честолюбивого Анжуйца. Вопрос о союзе церквей был решен на Лионском соборе 1274 г., однако встретил яростное сопротивление духовенства и населения Греческой империи, не простивших латинцам погром, учиненный Четвертым крестовым походом. Разрыв произошел по инициативе Рима, когда папой в 1281 г. стал француз Мартин IV, приверженец Карла Анжуйского. Он назвал Михаила обманщиком и лицемером и отлучил его от общения с латинской церковью. Высадившаяся в Эпире в этом же году французская армия была разбита Михаилом, и затем Сицилийская вечерня (1282) лишила Карла Анжуйского острова Сицилии — основы его могущества. В этом же году умер Михаил VIII, ставший основателем последней династии — Палеологов, правившей Греческой империей до падения Константинополя под ударом турок-османов в 1453 г.
Самым значительным государством франков в Греции оказалось пелопоннесское (морейское) княжество Ахайя. Жофруа II де Виллардуэну наследовал в 1246 г. его младший брат Гийом. Он подчинил себе остаток полуострова Морея, завоевав греческие крепости Коринф, Аргос, Навплию и Монемвасию. Для защиты от набегов горцев Тайгета — славян и греков он построил крепости Мистру и Майну. Мистра стала его резиденцией. Гийом принял участие в крестовом походе короля Людовика IX против Египта. В 1255 г. он отвоевал Эвбею (Негропонте) у веронской семьи Карчери и венецианцев в ходе войны Терциери («Трех господ» — по числу крупных ленов на острове) и включил ее в свой ленный союз. Ленный союз охватывал около 1000 рыцарских ленов, в том числе собственно в княжестве — 600. Управлять княжеством Ахайя князю помогали коннетабль, маршал, логофет (канцлер) и протовестиарий (камергер), собиравший доходы князя у сборщиков податей.