Труднее определить назначение постройки, угол которой открыт около южной стены храма Иоанна Предтечи. С уверенностью можно говорить о ее не жилом, а скорее общественном, может быть, культовом характере. Но какому культу она принадлежала, христианскому или иудейскому, сказать трудно. Оба варианта возможны, бесспорным кажется только ее размещение в пределах хазарской цитадели. Возведение христианской церкви на месте обнаруженной раскопками достаточно фундаментальной постройки логично рассматривать в качестве дополнительного аргумента в пользу второго варианта. Тем более что одноапсидная «базилика 1935 г.» в Херсоне тоже была поставлена на руинах синагоги (
Обстоятельства гибели построек хазарского периода сопоставимы с гибелью юстиниановского Боспора, они подверглись тотальному разрушению. Цитадель была разрушена почти до основания, поверхность была снивелирована и перекрыта мостовой из крошки ракушечника, из которого был воздвигнут квартал по всем правилам византийского градостроительства.
О времени этих событий позволяет судить с достаточной уверенностью археологический материал. Слой, синхронный остаткам разрушенной хазарской цитадели, содержал обломки белоглиняной византийской керамики второй половины IX–X вв., причерноморских амфор IX — первой половины X в., красноглиняных кувшинов «тмутараканского» типа с узким горлом и слабо профилированным венчиком с четкой продольной полосой, византийских стеклянных браслетов с росписью. По этим находкам разрушение хазарской цитадели следует отнести к X в. Именно к концу этого столетия новые кочевники мадьяры и тюрки-печенеги начали активно вытеснять хазар из их владений в Северном Причерноморье, а Византия, воспользовавшись этим свела свои давние счеты с хазарами и вернула под свое управление многие крепости и города Крыма. В числе их был и Боспор.
В период вторжения в Восточный Крым хазары вели примитивное таборное кочевое хозяйство, весь год передвигаясь по степи. По определению С.А. Плетневой, такое хозяйство типично для первой стадии кочевания. Хазары хоронили в разбросанных по степям курганах предшествующего времени или в специально скрытых могилах (