Успех с Бомарзундом стал хорошим началом для того, чтобы утолить жажду славных побед, которой мучилась публика, но в стратегическом отношении он был не слишком значительным. Неутихающие призывы к решающему удару заставили правительство уступить, и вскоре Непир получил послание первого лорда Адмиралтейства сэра Джеймса Грехема, которым тот фактически отменял предыдущий приказ. Теперь Непиру приводили доводы, что все условия для нападения на Свеаборг созрели:
Нельзя забывать, что с началом осени русские линейные корабли всегда воздерживаются от плавания по Финскому заливу, а лед запирает Кронштадт двумя неделями раньше, чем Свеаборг. Поэтому нападение на Свеаборг было бы целесообразно произвести в конце октября… Окончательное решение на этот счет вам следует принять самостоятельно. Если операция против Свеаборга при сложившихся обстоятельствах не имеет перспективы, ее ни в коем случае не следует начинать. Если же после тщательной оценки возможностей неприятельских укреплений и флота у вас сложится мнение, что Свеаборг можно уничтожить, ваш долг в сотрудничестве с французским адмиралом не упустить этой возможности.
По существу, Адмиралтейство предписывало Непиру напасть на Свеаборг, но с оговоркой: окончательное решение возлагалось на командующего флотом. Сэр Чарльз был немало озадачен этим посланием, но его смятение только усилилось тремя днями позже, когда он получил еще одну депешу. На этот раз Адмиралтейство приказывало ему воздержаться от нападения на Свеаборг. Не удивительно, что разгневанный адмирал потерял терпение. Зима на Балтике наступает рано, погода уже портилась. Непир ответил лордам Адмиралтейства резким письмом:
Я сочту себя непригодным для занимаемого поста, если буду вынужден и далее подвергать суда жестоким бурям северных вод. Как лорды Адмиралтейства предписывали мне в письме от 23 сентября и подтвердили письмом от 26-го, я отдам приказ об отходе, когда по нашему общему с французским адмиралом мнению дальнейшее нахождение объединенного флота в этих водах станет небезопасным.
Тон писем, которыми обменивались Непир и первый лорд Адмиралтейства, становился все более раздражительным и менее почтительным, и в конце концов Грехем приказал адмиралу возвращаться. Непир привел свой флот в Спитхед 16 октября, а через два дня у него состоялась бурная встреча с Грехемом, вскоре после которой ему доставили короткий приказ: «По получении сего вам надлежит спустить свой флаг и сойти на берег». Так после 60 лет верной службы королевскому военно-морскому флоту Непир был отправлен в отставку.
На этом балтийская кампания первого года войны завершилась. Результаты ее были не слишком впечатляющими, если не считать разрушения Бомарзунда. Британское общество по-прежнему требовало славных побед. Тем не менее нельзя отрицать, что англо-французским силам успешно парализовали передвижение российских судов в первое военное лето. Николаю не удалось усилить черноморский флот, перебросив туда дополнительные корабли. Тридцатитысячная армия, расположенная в зоне Финского залива, не смогла присоединиться к войскам, находящимся в Крыму. (Остается неизвестным, каков был бы исход Крымской войны, если бы это произошло.) Все это, вместе с точно спланированной и проведенной бомарзундской акцией, было достигнуто, несмотря на многочисленные проблемы с материальным обеспечением флота, эпидемию холеры и противоречивые распоряжения Адмиралтейства. В ходе балтийской кампании Британия не потеряла ни одного судна.