На следующий день, 12 мая 1972 года, два взрывных устройства были приведены в действие в здании полицейского управления города Аугсбурга, пятеро полицейских получили тяжелые ранения. В тот же день спустя два с половиной часа взрыв прогремел в Мюнхене на автомобильной стоянке КРИПО (криминальной полиции, которая проводила антитеррористические операции). Мощная бомба была спрятана в припаркованном автомобиле. По счастливой случайности обошлось без жертв, сгорели 60 машин сотрудников КРИПО.
Через три дня, 15 мая 1972 года, сработало взрывное устройство, спрятанное в частном автомобиле судьи Вольфганга Будденберга, подписавшего большинство ордеров на арест членов РАФ. Жена судьи, находившаяся в машине, получила тяжелые ранения.
В пятницу, 19 мая 1972 года, в Гамбурге Ульрика Майнхоф, Зигфрид Хауснер, Клаус Йоншке и Ильза Сташовиак вошли в здание местного филиала концерна «Шпрингер-Пресс» и оставили шесть самодельных бомб с часовым механизмом. В это время в здании находилось несколько сот служащих. Примерно за пятнадцать минут до взрыва в офис концерна позвонил мужчина, сообщивший, что в здании заложена бомба, которая будет приведена в действие через пять минут. Служащая не восприняла угрозу всерьез, посчитав звонок глупой шуткой. Вскоре раздался второй звонок, и тот же голос сделал повторное предупреждение. И оно было оставлено без внимания. В те дни такие звонки (в том числе ложные) были не редкостью. Кроме того, несмотря на серию недавних взрывов, никто не мог поверить в то, что террористы решатся заминировать здание, в котором работало несколько сот человек, не имевших никакого отношения к конфликту между РАФ и ненавидимой ими Системой. Но взрывы прогремели, 17 человек были ранены. Жертв могло быть намного больше, но три бомбы из-за технических неполадок не взорвались. Они были обезврежены саперами и представлены на экстренной пресс-конференции. На следующий день в том же офисе раздался звонок с новым предупреждением. На этот раз к нему отнеслись со всей серьезностью. Люди были спешно эвакуированы, а прибывшие саперы обезвредили три новые бомбы. Ответственность за взрывы в гамбургском филиале «Шпрингер-Пресс» взяла группа, именовавшая себя «Движение 2 июня». Тем не менее эксперты КРИПО, ведущие расследование, считали, что за организацией взрыва стоит РАФ. В тот же день, 20 мая 1972 года, в агентство печати «ЮПИ» поступило заявление с объяснением причин теракта, связанных с редакционной политикой «Шпрингер-Пресс». В человеческих жертвах обвинялось руководство концерна, которое пренебрегло телефонным предупреждением. Поскольку при взрывах пострадало много невинных людей, спустя несколько лет, во время судебного процесса, лидеры РАФ категорически отказались как от заявления, так и от своей причастности к этому теракту.
24 мая 1972 годадве машины, начиненные большим количеством тротила, были взорваны на территории Европейской штаб-квартиры Американской армии в Хейдельберге. В результате этого теракта погибло трое американских военнослужащих.
Очевидно, что без принятия чрезвычайных мер с волной террора справиться не удастся. Это вынудило власти ФРГ 31 мая 1972 года провести крупнейшую за всю историю страны антитеррористическую операцию под кодовым названием «Водный удар». Были задействованы более 15 000 полицейских, жандармов и оперативных агентов. Тысячи заграждений были возведены на автобанах, сотни бронетранспортеров блокировали улицы западногерманских городов.
1 июня 1972 года вместе с двумя другими членами РАФ во Франкфурте-на-Майне был задержан Андреас Баадер. 7 июня 1972 года в Гамбурге была арестована его подруга Гудрун Энсслин. Она совершала покупки в одном из гамбургских магазинов модной одежды, когда продавщица обратила внимание на подозрительный пакет, торчащий из ее кармана, и сообщила об этом полиции.
В течение нескольких дней с начала антитеррористической операции «Водный удар» КРИПО удалось практически полностью ликвидировать ядро «Фракции Красной армии». Из лидеров РАФ на свободе оставалась только Ульрика Майнхоф. «Фракция Красной армии» была почти полностью разгромлена. Большинство рафовцев находились за решеткой, несколько человек оказали сопротивление и были убиты во время задержания. Крайне важным оказалось то, что «сочувствующие», возмущенные и напуганные волной насилия и грабежей, отвернулись от РАФ. С осуждением акций РАФ открыто выступил духовный отец леворадикального движения философ Маркузе. Друзья из «новых левых» поспешили отмежеваться от Майнхоф. Еще оставаясь на свободе, она оказалась в духовной и физической изоляции. Ее явки были провалены, полиция шла по пятам, она ощущала себя загнанным зверем. Но не только это. Само общество, которое недавно служило ей опорой, в котором она привыкла видеть сочувствие и поддержку, теперь отвернулось от нее. Еще не осужденная законом, она была осуждена общественной моралью.