Спецназовцы без помех захватили вестибюль и побежали к лестнице. Преодолев два пролета, Цвика Либне увидел террориста. Он дал по нему очередь и метнул гранату, но террористу удалось скрыться. В этот момент подоспел раненый снайпером Рахим. Выскочив перед рвущимися наверх бойцами, он открыл огонь и ранил троих спецназовцев. Их продвижение замедлилось, а сам Рахим, непрерывно стреляя стал отступать по коридору в класс, где содержались заложники. Цвика Либне с оставшимися бойцами поднялся на второй этаж. Школьный коридор имел Т-образную форму, впереди были 15 метров простреливаемого пространства и поворот, за которым находился класс. Цвика Либне дал длинную автоматную очередь и метнул дымовую шашку. Плотный дым заполнил лестницу и коридор, ослепив спецназовцев и террористов.
Как оказалось, использование дымовой завесы было ошибкой. Группа Амирама Левина, которая должна была выдвинуться вперед и продолжать штурм, потеряла в дыму ориентировку. На прояснение обстановки ушло 10 секунд, но они оказались критическими для исхода операции.
Раненый Рахим, оторвавшись от преследователей, вбежал с автоматом в класс. На пороге его встретил 17-летний юноша. Вскочив с места, он попытался преградить террористу путь и защитить заложников. Рахим расстрелял его в упор и стал без разбора расстреливать детей. Класс был небольшой, размерами 6x8 метров, и каждая пуля находила цель. Здесь же были два других террориста, в том числе отступивший с лестницы. Девочки, которые сидели отдельно от ребят и оказались ближе к Рахиму, бросились к окну и оказались прямо перед обезумевшим боевиком. Потому среди убитых заложников оказалось 18 девушек и четверо парней. Продолжая непрерывную стрельбу, Рахим бросил в мечушихся ребят гранату. Это была бойня.
План операции оказался неудачным. Группа Муки Бецера, которая должна была попасть в класс через окно, не смогла выполнить задачу. Дети выпрыгивали из окон прямо на головы поднимающихся по лестнице бойцов. Потом из окна повалил густой дым и вылетела граната, брошенная кем-то из террористов. В классе была слышна стрельба, пули летели через окно, а штурмующие на могли открыть ответный огонь без риска попасть в детей и своих же бойцов. Спецназовцы остановились на лестницах, не зная, что делать дальше, и подхватывая кричащих от ужаса школьников. В окна теперь было не пробиться.
В это время спецназовцы Цвики Либне и Амирама Левина бежали по коридору в класс. Плотный дым не давал дышать, выедал глаза. Двигаться приходилось на ощупь. Бойцы проскочили коридор и свернули за угол. Здесь находились классы. Два первых были пусты, из третьего в самом конце коридорчика доносились стрельба и крики. Окна были распахнуты, дым чуть рассеялся. У классной доски стоял Рахим и лихорадочно менял обойму в автомате. Он был убит на месте. Второй террорист застыл у стены в каком-то оцепенении, он никак не реагировал на ворвавшихся бойцов. Его постигла участь Рахима. Дети кричали все сразу от ужаса и боли, отовсюду неслись стоны раненых и умирающих. Пол был густо залит кровью. Внезапно один из мальчиков закричал: «Это террорист! Это террорист!» — пытаясь отползти от прячущегося за его спиной боевика. Тот выглядел молодо, и спецназовец медлил, но другие дети подтвердили: да, террорист. И спецназовец открыл огонь, как оказалось, очень своевременно. В руках убитого оказался пистолет «беретта» и граната, которые он не успел пустить в ход. С начала первого снайперского выстрела, ставшего сигналом к атаке, и последним выстрелом прошло не более 30 секунд, которые показались вечностью.
Картина, открывшаяся после боя, с трудом поддается описанию. Класс был буквально завален телами мертвых, умирающих и раненых детей. Повсюду на стенах, на полу была кровь, лужи крови. Бойцы «Сайрет Маткаль» — люди хорошо тренированные и психологически устойчивые — пережили потрясение, оставшееся с ними на всю жизнь. Врачи и санитары разбирали фуду окровавленных тел, отделяли убитых от раненых. Кроме 22 погибших оказалось более 50 раненых, 10 из них в тяжелом состоянии.
Антитеррористическая операция в городе Маалот была признана крайне неудачной, она повлекла за собой многочисленные жертвы и стала объектом всестороннего изучения. Ошибочными были признаны ряд решений, принятых на уровне планирования операции и в ходе ее реализации. Печальный опыт был учтен в ходе выработки дальнейшей стратегии по борьбе с терроризмом. В стране был объявлен всеобщий траур, премьер-министр Израиля Голда Меир, выступив по телевидению, пообещала жестоко отомстить террористам.
На следующий день, 16 мая 1974 года, израильские ВВС нанесли мощный авиаудар по базам НДФОП, расположенным в Южном Ливане, в городе Набатия и лагере палестинских беженцев Эйн эль-Халауви. По сообщению южноливанского радио, в результате налета израильской авиации погиб 21 человек.