М.Д. Бонч-Бруевич был одним из специалистов, кто поддерживал советскую власть, однако многие из них оставались непримиримыми противниками большевиков. К 8 июля 1919 г. было закончено расследование очередного заговора военных специалистов. Дзержинский лично допросил арестованных Б.И. Кузнецова, Е.И. Исаева и Ю.И. Григорьева, что позволило более обстоятельно выявить планы заговорщиков. В частности, он установил подготовку выступления в Туле с захватом оружейных заводов; желание заговорщиков «использовать Вацетиса для переворота, но некоторые из них возражали, «ссылаясь на его непостоянство и болтливость в пьяном виде», были предприняты попытки связаться с Деникиным, интервентами и с зарубежными организациями. Эти задачи решали Исаев, Меньшов, Н.Н. Доможиров, Кузнецов и Григорьев. Заговорщики планировали захват Тулы, Серпухова и поход на Москву, они шантажировали Вацетиса. В то время, как противник походил к Курску, подготовили к передаче информации Деникину о начале переброски войск с Восточного фронта на Южный[938]
.В рапорте Ф.Э. Дзержинского и заместителя председателя Особого отдела ВЧК И.П. Павлуновского в РВС Республики сообщалось о событиях в укрепленном районе Кронштадтской крепости, которые были подготовлены организацией военных специалистов, связанных с белогвардейскими организациями Кронштадта и Западного фронта. Допросы главных участников организации Западного фронта — начальника штаба и командарма Η. Н. Доможирова дали возможность раскрыть основную организацию в Полевом штабе РВСР, которая координировала действия фронтов за исключением Восточного и готовила захват аппарата управления Красной Армии в руки своих людей. Заговорщики должны были через своих людей, назначенных на ответственные посты в армии, подготовить захват военного аппарата в свои руки и с его помощью произвести военный переворот и установить военную диктатуру. Об этом свидетельствуют следующие факты: в Серпухове организация опиралась на 5-й стрелковый латышский полк, в Москве через преподавателя академии Генштаба Григорьева, связанного с московской белогвардейской организацией, — на часть расквартированных в городе полков, с этой же целью начальник штаба Западного фронта назначается командармом 15 армии, а Эрнест Вацетис — членом РВС той же армии. Доможиров и Вацетис должны были руководить восстанием 15 латышской армии, где главком Вацетис якобы был очень популярен. Главком Вацетис должен был встать во главе восставших частей и по его словам: «Тряхнуть Москву».
Помимо этого организация Полевого штаба имела связи с Колчаком, Деникиным и в Париж передавала сведения военного и политического характера в Париж.
Поэтому ВЧК и Особый отдел ВЧК арестовали Главкома И.И. Вацетиса и исполняющего обязанности начальника штаба Костяева «за недонесение о существовании в Полевом штабе организации, подготовлявшей восстание», и участников организации: состоящего для поручений при главкоме Исаева, начальника разведки Полевого штаба Кузнецова, порученца при начальнике штаба Малышева, преподавателя Академии Генштаба Григорьева, Эрнеста Вацетиса, его личного адъютанта Дылана, коменданта штаба и его помощника[939]
.В телеграмме Троцкому и Ленину Ф.Э. Дзержинский, Н.Н. Крестинский и Э.М. Склянский сообщили: «Вполне изобличенный в предательстве и сознавшийся Доможиров дал фактические показания о заговоре, в котором принимал деятельное участие Исаев, состоящий издавна для поручений при главкоме и живший с ним в одной квартире. Много других улик, ряд данных, изобличающих главкома в том, что он знал об этом заговоре. Пришлось подвергнуть аресту главкома»[940]
.Данные о И.И. Вацетисе не подтвердились, и после 97-дневного заключения он был освобожден. В последующем, 6 ноября 1919 г, Политбюро ЦК РКП (б) по предложению Дзержинского и Павлуновского решило применить объявленную ВЦИК амнистию ко второй годовщине Октябрьской революции к арестованным в июле месяце по делу Полевого штаба генштабистам Доможирову, Малышеву, Григорьеву и Исаеву, причем последнему не давать никаких «ответственных назначений», а ВЧК установить за ним надзор[941]
.