7 марта 1918 г. Коллегия ВЧК приняла решение об объединении всех отрядов ВЧК и установления для них единых принципов организации и использования, а 18 марта 1918 г. подтвердила решение о слиянии всех отрядов в столице в единый Боевой отряд ВЧК и обратилась с письмом к местным советам, предложив им наряду с организацией ЧК сформировать при них вооруженные отряды из добровольцев. Боевой отряд ВЧК к концу апреля состояли из 5 пехотных рот по 125 человек, 50 кавалеристов, 60 пулеметчиков, 40 артиллеристов, 80 самокатчиков и 3 экипажей бронеавтомобилей. 20 марта 1918 г. на заседании ВЧК Дзержинский поддержал предложение Шахова «сохранить целостность отряда самокатчиков, как однородной боевой единицы, находящейся в распоряжении комиссии». Каждая губернская ЧК имела небольшие вооруженные отряды. 8 апреля 1918 г. Дзержинский обратился к командующему Московским военным округом с просьбой передать отряд «в полное наше распоряжение, дабы не пользовались силами его для других целей9
.До середины марта 1918 г. деятельность ВЧК ограничивалась районами Петрограда и Москвы. 18 марта 1918 г. ВЧК рассмотрела «Организационный вопрос» и решила преобразовать организационный отдел в Иногородний и при нем бюро по борьбе с контрреволюционной печатью; была принята резолюция В.В. Фомина с поправкой Дзержинского, в которой было предложено всем местным советам организовать однотипные с одинаковым названием комиссии, которые должны борются с контрреволюцией, спекуляцией, [антисоветской] печатью, злоупотреблением по должности; все аресты, обыски, реквизиции, конфискации и проч. «принадлежат исключительно этим комиссиям, как в Москве, так и на местах»; кроме того, в каждом отделе создать разведку, общую для всей комиссии.
22 марта 1918 г. газета «Известия ВЦИК» опубликовала подписанное Дзержинским постановление ВЧК о создании местных чрезвычайных комиссий10
.К августу 1918 г. уже существовало 38 губернских и 75 уездных ЧК11
.Весной 1918 г. возникли первые конфликтные дела в работе ВЧК и ее территориальных органов. Так, в апреле 1918 г. ВЧК была обвинена в содержании задержанных без допроса и вела «маловажные и негромкие дела». В Петроград выезжала специальная комиссия для расследования всех обстоятельств дела. 23 апреля 1918 г. на заседании ВЧК был заслушан доклад Дзержинского о результатах деятельности Ликвидационной комиссии. Он рассказал, что обвинения, возводимые на ВЧК касаются не столько ВЧК, сколько Петроградской ЧК во главе с М.С. Урицким. Ликвидационная комиссия выяснила факт освобождения губЧК «преимущественно лиц состоятельных, в то время как бедняки сидели под арестом, и лишь с приездом Ликвидационной комиссии освобождено было около 30 чел. из них». Другое обвинение в адрес ВЧК «объяснялось исключительно различием в тактике и способах борьбы с преступностью». «Единственным более или менее основательным укором ВЧК, - отметил Дзержинский, - может быть признано некоторое несовершенство в техническом смысле построения обвинений и в самом учете обвиняемых, объясняемое недостатком юридических познаний работников комиссии». ВЧК предложила продолжить работу Ликвидационной комиссии и «принять срочные меры к закреплению за ВЧК лиц, сумм и вещественных доказательств, перевезенных из Петрограда в Москву12
.28 апреля 1918 г. на экстренном заседании ВЧК под председательством Дзержинского был заслушан отчет о деятельности отдела по борьбе с контрреволюцией. И.Н. Полукаров сообщил, что работа отдела идет по двум направлениям: борьба с внутренними и внешними (союзническими и германскими) империалистами, контрреволюционные силы концентрируются около В. Мирбаха, с мест поступают сведения, что при участии разложившихся военных отрядов, а также отрядов охраны железных дорог происходят пьяные бунты и погромы. Но «для наблюдения и разведки за контрреволюцией, надвигающейся извне, нет соответствующего аппарата. Даже для разведки над внутренней контрреволюцией имеющаяся разведка далеко не совершенна в смысле персонального характера состава. Необходимо произвести коренную ломку всей организации разведки по специальностям. Необходимо улучшение следственного аппарата; необходимо лицо одно, определенное, объединяющее и направляющее деятельность следствия» Предложение Полукарова были реализованы несколько позднее13
.Обстановка на фронте требовала от председателя ВЧК принятия срочных решений. 11 мая 1919 г. он поручил М.С. Кедрову обратить особое внимание на состояние армии на Литовско-Белорусском фронте и организовать особые отделы в штабе в Смоленске, в Западной и Литовской дивизиях. - «Там полная расхлябанность и признаки измены»14
.На основе решения 1-ой Всероссийской конференции губернских ЧК 13 июня 1918 г. Коллегия ВЧК приняла постановление об объединении всех отрядов ЧК в центре и на местах в Особый корпус войск ВЧК.