5 мая 1918 г. Ф.Э. Дзержинский дал показания следственному отделу Комиссариата публичных обвинении по делу офицера царской армии М.А. Муравьеве, участника Первой мировой войны, в 1917 г. подполковника. Во время революции он предложил свои услуги Советскому правительству. 28 октября/10 ноября 1918 г. был назначен начальником обороны Петрограда, а 30 октября/12 ноября, командовал войскам, участвовавшими в ликвидации мятежа Керенского- Краснова. В декабре 1917 г. Муравьев был на-пальником штаба Южного революционного фронта, в начале 1918 г. командовал войсками Одесской советской республики, действовавшим против Украинской Центральной рады. В апреле 1918 г. уехал в Москву и был арестован за злоупотреблении властью.
В Комиссариате публичных обвинений Дзержинский показал, что ВЧК неоднократно получала сведения о Муравьеве, «как о вредном советской власти командующем». Все обвинения сводились к тому, что «худший враг наш не мог бы нам столько вреда принести, сколько он принес своими кошмарными расправами, расстрелами, самодурством, предоставлением солдатам права грабежа городов и сел. Все это он проделывал от имени нашей советской власти, восстанавливая против нас все население. Грабежи и насилия -это была его сознательная военная тактика, которая девая нам мимолетный успех, несла в результате поражение и позор. «И я считал,-утверждал Дзержинский, - что если советская власть не накажет его со всей революционной строгостью, то весь позор и вся ответственность за эту тактику падет на советскую власть. Арестовал я его после того, как получил сведения, что штаб его как главнокомандующего Кавказской нашей армией уехал уже в Царицын, и что он сам уезжает туда же».
За несколько дней до этого Троцкий уведомил Дзержинского, что Муравьев лишен мандата и, следовательно, является самозваным главнокомандующим.
По данным ВЧК, сообщил Дзержинский, Муравьев послал свое доверенное лицо в Москву с предложением анархисту Льву Черному подготовить отряд анархистов оружием для борьбы с советской властью Но после отказа Л.Черного Муравьев замял свое предложение, передав анархистам два пулемета. К тому же заместитель председателя ВЧК Александрович сообщил, что Муравьев рассказывал левым эсерам, будто после его назначения главнокомандующим Кавказским фронтом «большевики дали ему инструкцию ударить в тыл сражающимся с турками меньшевикам, но что он на такую подлость не пойдет». В ВЧК были и документы, уличающие Муравьева в том, что после Октябрьской революции он вел себя как монархист и провокатор. В ответ на запрос N9 40 от 21 мая 1918 г. следственного отдела Комиссариата публичных обвинений 24 мая Дзержинский отдал распоряжение Г.Н. Левитану отпечатать и направить ответ, в котором давались пояснения по делу М.А.Муравьева. Утром в день его ареста в ВЧК пришел матрос и предъявил Дзержинскому документы начальника отряда одесских террористов и предписание Муралова, в которой говорилось, что его отряду террористов, прикомандированному к армии Муравьева, предписывается немедленно отправиться в Царицын в штаб Муравьева. Начальник террористов также заявил, что Муравьев должен тоже уехать туда как главнокомандующий Кавказской армией. «Это сообщение, - писал Дзержинский, - и заставило меня еще раз запросить тов. Троцкого о полномочиях Муравьева и ускорить арест последнего. Отряд террористов находился не в самой Москве, а где-то верст за 20 от Москвы, на какой-то ж. д. станции».
После проведения расследования ревтрибунал не придал серьезного значения показаниям Дзержинского и освободил Муравьева по ходатайству ряда военных деятелей. 14 июня 1918 г. он был назначен командующим Восточного фронта.
13 мая 1918 г. Совет Рабоче-Крестьянской Обороны обязал Склянского и Дзержинского «собирать и доставлять еженедельные точные сведения о том, сколько эшелонов фактически следует с достаточным количеством сопровождающих и сколько следует без таковых. Первые сведения должны быть доставлены через две недели...»11
.25 мая 1918 г. начался подготовленный Антантой чехословацкий мятеж. 27 мая 1918 г. Дзержинский писал жене: «Кольцо врагов сжимает нас все сильнее и сильнее, приближаясь к сердцу... Каждый день заставляет нас прибегать ко все более решительным мерам... Гражданская война должна разгореться до небывалых размеров. Я выдвинут на пост передовой линии огня, и моя воля - бороться и смотреть открытыми глазами на всю опасность грозного положения и самому быть беспощадным...».