В 1919 г. для подавления мятежа на Дону в числе других были направлены командные курсы, и В.И. Ленин поручил 25 апреля Э.М. Склянскому, чтобы тот согласовал многие вопросы с Ф.Э. Дзержинским, в том числе и о направлении «самых энергичных людей»20
.Весной 1919 г. в Землянском уезде Воронежской губернии произошли выступления крестьян и дезертиров, организованные эсерами. Бандитами был разгромлен уездный комитет партии и ряд советских учреждений. По сообщению Землянского уездного исполкома, уезд оказался в катастрофическом положении. Восставшие дезертиры нарушили работу советских учреждений, прекратился сбор налогов. Медицинский персонал, не получая жалованья уже три месяца, отказался работать. Отсутствие средств грозило остановкой работы всех государственных учреждении. Уездный исполком просил выделить ему два миллиона рублей. 5 мая 1919 г. В.И. Ленин направил этот материал Ф.Э. Дзержинскому. Принятыми мерами ВЧК выступление крестьян и дезертиров было подавлено21
.19 мая 1919 г. СТО поручил Дзержинскому и Склянскому «принять самые энергичные меры к тому, чтобы извлечь из страны то оружие, которое до сих пор не используется для военных надобностей, и передать его Военному ведомству». Особое внимание было обращено на Донскую область. Вместе с тем они должны проверить фактическую наличности оружия у Военного ведомства, еженедельно делая доклады в Совете Обороны по данному вопросу22
.13 июня 1919 г. в фортах «Красная Горка», «Серая Лошадь» и «Обручев» вспыхнул мятеж, который по плану заговорщиков должен был послужить сигналом к восстанию в Кронштадтской крепости и в Петрограде. Чекисты, руководимые Я.Х. Петерсом и М.С. Кедровым, сумели в короткий срок выявить и взять под свой контроль нити заговора и в ночь на 14 июня нанесли упреждающий удар. Были арестованы руководители заговора в Кронштадте и на кораблях Балтийского флота, а при массовых обысках и облавах, проведенных совместно с отрядами рабочих удалось изъять 7 тыс. винтовок, более 140 тыс. патронов 600 револьверов и много другого оружия23
. В ночь на 16 июня быстрыми и решительными ударами по фортам с моря и с суши мятеж был подавлен.11 июля 1919 г. по докладу Дзержинского «О восстаниях дезертиров и зеленых» СТО поручил РВС Республики принять меры к увеличению числа войск ВЧК24
.В начале 1920 г. Дзержинский снова в центре событий. На севере Башкирии вспыхнуло восстание против советской власти. Положение в республике осложнилось из-за попытки руководителей Башкирского ревкома разгромить обком РКП (б). 16 февраля 1920 г. в ЦК РКП (б) Ф.Э. Дзержинским был сделан доклад о политическом положении в Башкирии. ЦК возложила на него борьбу с контрреволюцией в этой республике, а Артем (Ф.А. Сергеев) был назначен уполномоченным ВЧК по борьбе с башкирской контрреволюцией.