В ходе реформы происходили изменения и войсках ВЧК. 14 марта 1921 г. В.С. Корнев от 14 марта 1921 г. заявил о необходимости формирования отдельных запасных батальонов на окраинах республики для предварительной подготовки и планомерного пополнения войск ВЧК. 16 марта 1921 г. Ф.Э. Дзержинский представил это предложение на заключение Г.Г. Ягоде. Тот дал отрицательный ответ, считая, что сначала необходимо укомплектовать части, которые раздеты, вооружить и пополнить штаты войсковых подразделений при губЧК, а лишь потом можно говорить о запасных батальонах, «а то мы создадим еще одну раздетую, не боеспособную часть, каковая будет числиться за ВЧК и только. Если т. Корнев подтвердит, что у него части губЧК одеты, обуты, вооружены и укомплектованы, то можно разрешить дальнейшее формирование73
.22 марта 1921 г. Дзержинский отдал распоряжение В.С.Корневу о приятии мер по доведению 39-го Гомельского батальона «до полного штата людьми, вооружением и обмундированием»74
. 27 июля 1921 г. председатель ВЧК подверг сомнению предложение П.К. Студеникина о сформировании слишком большой войсковой единицы ВЧК по штату полевых частей РККА и «оперирует жупелом партизанщины», «поэтому я думаю, ничего не выйдет»- «Боюсь, что в результате его проекта получится не особая дивизия ЧК, а сестра родная имеющихся у нас полевых дивизий». Он предложил Уншлихту создавать небольшие части «всех родов оружия, легко подвижные и сплоченные с собой не только дисциплиной, нои подбором и близостью с ЧК. Это достижимо при количественно небольших частях. Все внимание должно быть обращено на подбор людей и технику, которая должна заменить количество»75
. В то же время Дзержинский постоянно интересовался состоянием территориальных дивизий, «парализовыванием их отрицательных сторон», обращая особое внимание на их классовый состав и работу особых отделов»76.25 декабря 1921 г. Дзержинского беспокоил процесс передачи ВНУС Военному ведомству, который мог привести к их дезорганизации, разложению полевых войск в борьбе с бандами, потому что Военное ведомство не было приспособлено к решению задач борьбы на внутреннем фронте. Он просил В.Н. Манцева «следить за разрешением этого вопроса на Украине» и делиться с ним своими наблюдениями»77
.При совершенствовании структуры армии, флота и войск ВЧК-ОГПУ Дзержинский исходил из того, что проводимые мероприятия ни в коем случае не должны подрывать «организацию внутренней безопасности Республики». Он решительно выступал за сохранение численности пограничных войск, учитывая, что с прекращением военных действий шел процесс восстановления границ Советской Республики, протянувшейся на десятки тысяч километров. К тому же с окончанием военных действий значительно увеличилось число нарушений государственной границы вражескими лазутчиками и контрабандистами. О масштабе заброски агентуры в страну можно судить по тому, что только на участке пяти пограничных отрядов западной границы за 1922-1925 гг. было задержано 2742 нарушителя, из которых 675 оказались разведчиками империалистических государств. Все это требовало коренного улучшения охраны границы и работы контрольно-пропускных пунктов пограничных войск.
Во многих случаях председатель ВЧК-ОГПУ обращался к руководителям об оказании помощи подразделениям и частям. 20 ноября 1920 г. Дзержинский и Склянский просили военкома Перми помочь кавалерийскому полку «по политическим и военным соображениям». Помощь должна выразиться в оказании содействия «в снабжении их всем необходимым, в предоставлении им без всяких задержек помещений и перевозочных средств, а равно поставит их в наивыгоднейшие условия в отношении политического воспитания и обучения»78
. В середине июня 1921 г. Дзержинский направил телеграмму в Бахмут на имя предгубЧК К.М. Карлсона с просьбой об оказании всяческого содействие и поощрение инженерному батальону ВЧК, обращая внимание на дисциплину79. 15 ноября1923 г. он сделал обстоятельный запрос Ягоде о состоянии войсковых формирований на территории страны: пограничных, территориальных, конвойных; сколько составляют жалование, вещевое довольствие и квартирные деньги; сколько рядовых и командного состава; сравнить расходы на них с расходами в царское время; какой дополнительный доход от поимки контрабандистов, какая польза от пограничных войск и др.80
.Характерны заметки Дзержинского на одном из документов