Иван Федорович Нильский (1831—1891) возглавлял кафедру русского раскола Санкт-Петербургской духовной академии. Его главный труд (докторская диссертация) «Семейная жизнь в русском расколе» (1869), основанный на изучении богатого рукописного материала и посвященный изложению старообрядческого учения о браке от начала раскола до конца царствования Николая I, занимает одно из видных мест в литературе по старообрядчеству и вызвал в свое время обширные критические статьи и исследования. Ему принадлежит также ряд полемических трудов и статей: «Об антихристе против раскольников», «Взгляд раскольников на некоторые наши обычаи и порядки жизни церковной, государственной, общественной и домашней», «Разбор бесповщинского учения о лицах, имеющих право совершать крещение», «К истории раскола в Остзейском крае» и другие.
Из авторов, хотя и враждебных старообрядчеству, но стремившихся к объективно научному рассмотрению истории раскола русской церкви, следует отметить Николая Федоровича Каптерева (1847—1917), в течение 30 лет занимавшего кафедру всеобщей гражданской истории Московской духовной академии. Каптерев одним из первых сказал в своих сочинениях правду о происхождении старообрядчества и об истинном положении греческой церкви под властью турок, также о происхождении древних русских обрядов. В последнем вопросе он совершенно разошелся с официальными церковными историками и, основываясь на разного рода доказательствах, пришел к заключению, что отстаиваемые старообрядцами «старые обряды» есть истинные древние обряды, принятые в древности не только в русской церкви, но и в греческой. Главные его труды: «Характер отношений России к православному Востоку в XVI и XVII столетиях» (1884), где описан полный упадок греческой церкви; «Сношения иерусалимского патриарха Досифея с русским правительством» (1891, докторская диссертация); «Патриарх Никон и его противники в деле исправления церковных обрядов» (1887), «Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович» (1909—1912, в 2 томах). Все эти работы написаны на основании архивных и рукописных материалов, до тех пор мало, а иногда и совсем не известных. Книга Каптерева «Патриарх Никон», печатавшаяся ранее в виде статей в журнале «Православное Обозрение», из-за новых воззрений, высказанных им на время патриаршества предшественника Никона – патриарха Иосифа, и на действительное происхождение «старообрядческих особенностей», вызвала против ученого нападки со стороны приверженцев синодальных воззрений на историю старообрядчества. Миссионерские противостарообрядческие съезды требовали даже суда над автором. Дальнейшее печатание статей Каптерева о патриархе Никоне, по распоряжению обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева, было запрещено, что не помешало большинству ученых признать воззрения автора правильными. Лишь после 1905 года профессор Каптерев смог снова печатать свои труды.
Чрезвычайно ценный материал собран в магистерской диссертации историка литературы А. К. Бороздина (1863—1919) «Протопоп Аввакум. Очерк из истории умственного развития русского общества 17 в.» (1898), хотя труд этот порой страдает односторонностью освещения некоторых фактов.
Среди авторов, достаточно доброжелательно настроенных к старообрядчеству, следует выделить А. П. Щапова, В. В. Андреева, Н. И. Костомарова, В. А. Мякотина, С. П. Мельгунова, А. С. Пругавина и других.
Профессор истории Афанасий Прокопьевич Щапов (1831—1876) был автором нескольких крупных, оригинальных исследований по истории раскола и старообрядчества. К формированию собственной концепции истории России А. П. Щапов шел в процессе изучения старообрядчества. Начиная с магистерской диссертации, эта тема стала лейтмотивом научной работы Щапова. Его первая печатная работа появилась в 1857 г. (сочинение «О причинах происхождения и распространения раскола, известного под именем старообрядчества, во второй половине 17 и первой половине 18 столетия»). Затем последовал ряд статей, тематически связанных со старообрядчеством: «О способах духовного просвещения древней России вне училищ», «Лука Канашевич, епископ Казанский», «Содействие древних монастырей просвещению России», «Арсений Грек при патриархе Никоне». Через год была опубликована монография, обратившая общее внимание на молодого историка, – «Русский раскол старообрядчества» (1859).