А Верховного правителя, кроме военных, ожидали и непростые государственные дела. В области внешней политики прежде всего необходимо было добиться от ведущих иностранных держав признания своего правительства и дальнейшего получения от них военной помощи. На первый план выдвигалась задача создать благоприятное впечатление об омском режиме у следующего по Сибири американского посла Морриса, бывшего в недавнем прошлом далеко не сторонником адмирала. Специально подготовленные делегации от духовенства, зажиточного крестьянства и других общественных групп демонстрировали прибывшему в Омск американскому послу материалы о зверствах большевиков, их гонениях на Православную церковь. Решительный поворот взглядов Морриса в пользу колчаковского правительства наметился после его беседы с самим Верховным правителем и членами кабинета министров, заявлявшими о демократичности проводимого ими курса и заверившими посла о безоговорочном признании Россией всех своих долгов иностранным государствам.
В это же время Колчак пытался укрепить отношения с Японией, расширить с ней экономические связи, получить от нее военную помощь. Имелся проект, по которому омское правительство предоставляло японским компаниям преимущественное право в использовании природных богатств Дальнего Востока для изготовления необходимых колчаковской армии предметов военного назначения. В письме от 26 июня своему представителю в Токио Романовскому Верховный правитель требует ускорить получение генералом Суриным в Японии 50 тысяч винтовок и 10 тысяч патронов в месяц, указывает на полезность сотрудничества «нашей и японской контрразведок». В том же письме он дает задание добиваться присылки двух японских дивизий для охраны железной дороги к западу от Байкала, вплоть до станции Ишим, ввиду ненадежности чехословацких войск, к тому же готовившихся к эвакуации из Сибири.
Предпринимались меры к подавлению все разрастающегося партизанского движения в тылу. В первой половине 1919 года белогвардейцы и интервенты при подавлении сопротивления внутреннего народного фронта в Сибири расстреляли и замучили более 40 тысяч и бросили в тюрьмы 80 тысяч человек, свыше тысячи пленных красноармейцев стали жертвами «эшелонов смерти».
Грамота ВЦИК о награждении 27-й стрелковой дивизии Почетным революционным Красным Знаменем за взятие г. Омска от 25 ноября 1919 г.
13 июля Западная армия оставила Златоуст, на следующий день пал Екатеринбург. Получив об этом сообщение, Колчак, оставшись в кабинете один, в сердцах исколол ножом оба подлокотника своего кресла. 18 июля от Набокова поступила телеграмма о беспокойстве английского военного ведомства отступлением сибирских армий и о его желании узнать истинную причину такой неудачи. Верховный главнокомандующий ничем не мог успокоить англичан. Более того, он прекрасно понимал, что, преодолев Уральский хребет, красные войска увеличат темп своего наступления.
В это время противоборствующие стороны произвели некоторую реорганизацию своих вооруженных сил.
В Красной армии с 8 июля главное командование перешло к С. С. Каменеву, сменившему главкома И. И. Вацетиса. Командующим Восточным фронтом был назначен М. В. Фрунзе, 2-я армия была переброшена под Царицын. В состав оставшихся 3-й и 5-й армий дополнительно вошли 21-я и 5-я дивизии.
Произошли изменения и в структуре вооруженных сил Колчака. По его решению Северная группа Сибирской армии преобразовалась в 1-ю армию под командованием генерала А. Н. Пепеляева, Южная группа во главе с генералом Н. А. Лохвицким составила 2-ю армию, а из войск Западной армии была создана 3-я (сахаровская) армия. Она была усилена тремя дивизиями из стратегического резерва Верховного главнокомандующего.
17 июля советские войска, не давая передышки белым армиям, продолжили наступление. 5-я армия Тухачевского продвигалась на Челябинск и Троицк, 3-я армия – к востоку, частью сил – на Туринск. 24 июля 27-я дивизия 5-й армии с помощью рабочих отрядов, ударивших по белогвардейцам с тыла, взяла Челябинск, а 35-я дивизия перерезала железную дорогу Екатеринбург – Челябинск и совместно с 5-й дивизией заняла позиции к северу и северо-западу от города; к этому времени 26-я дивизия перехватила железнодорожную линию Полетаево – Троицк.