1 сентября Дитерихс повел сибирские армии в наступление. Верховный правитель приказал призвать под ружье в прифронтовой полосе всех мужчин в возрасте от 18 до 43 лет. В Омске в обстановке «патриотического» подъема началась добровольная мобилизация карпаторуссов, рабочих города самых разных профессий – от хлебопеков до ассенизаторов. В это же время Колчака воодушевила «патриотическая» идея генерала Иванова-Ринова собрать сибирских казаков и совершить с ними рейд по тылам противника. Адмирал произвел его в генерал-лейтенанты и ассигновал на обеспечение действий нового казачьего корпуса 100 миллионов рублей. В первых числах сентября началась атака сибирских конников на бригаду красных, которая была полностью разбита. Верховный правитель наградил Иванова-Ринова офицерским Георгием 4-й степени.
17 сентября на стенах домов Омска появилась «Грамота Верховного правителя». В ней сообщалось об успехах сибирских армий, о решении созвать Государственное земское совещание «для содействия мне и моему правительству… укрепления благосостояния народного». Далее в грамоте шли призывы к населению, к его «…полному единению с властью, прекращению партийной борьбы и признанию государственных целей и задач выше личных стремлений и самолюбий, памятуя, что партийность и личный интерес привели Великое Государство Российское на край гибели».
Колчак, находя положение своего фронта к концу сентября относительно благополучным (боевые действия против красных протекали с переменным успехом) и считая себя по-прежнему главой всероссийского правительства и его Верховным главнокомандующим, ознакомился с обстановкой на Северном, Северо-Западном и Южном фронтах. С информацией по этому вопросу, подготовленной Ставкой, выступил генерал Андогский. Его очень огорчило только что полученное сообщение о выводе английских войск с Севера, вызванном неспокойной внутриполитической обстановкой в Англии. Армия Юденича, ставшего военным министром искусственно созданного англичанами Северо-Западного правительства, была близка к овладению Петроградом. На Южном фронте к 25 сентября войска Деникина заняли всю железнодорожную магистраль Курск – Киев и оттеснили противника на 35 верст к северо-западу от Бахмача.
– На Восточном фронте, – продолжал Андогский, – по сводкам за 25 сентября, белые части заняли станцию Заводоуковская, ряд деревень к западу от нее и вышли к реке Тобол. За время боев захвачено более 2200 пленных, 63 пулемета и много всякого снаряжения. На курганском направлении наступление продолжалось вдоль линии железной дороги и южнее нее, взят ряд деревень в 40 верстах к востоку от Кургана. У Звериноголовска под натиском крупных сил красных белые части отошли вдоль тракта. В Семиречье положение без изменений.
Дитерихс отстранил Иванова-Ринова за неподчинение приказам командования. Но вскоре конференция казаков отменила приказ Дитерихса, и Иванов-Ринов вернулся на фронт. 29 сентября тяжело заболел военный министр Будберг, пролежав без сознания две недели. На его место Верховный правитель назначил генерала Ханжина.
Белые, продолжая теснить противника, 2 октября перешли реку Тобол, овладели Тобольском и приблизились к Ялуторовску и Кургану. Однако этот успех был временным.
14 октября 5-я, а вскоре и 3-я армии, развернутые по фронту на тысячу верст к югу от Тобольска, перешли в наступление. 3-я армия, форсировав Тобол, пробивалась вдоль железной дороги на Ишим и Тобольск. 5-я армия, ломая оборонительные рубежи, с боями теснила белых в общем направлении на Петропавловск. Колчаковцы отчаянно сопротивлялись, временами переходили в контратаки, но, не имея сил сдерживать наступающих, оставляли одну позицию за другой. Колчак приказал спешно отправить на фронт часть омского гарнизона, готовить резервы из рабочих, крестьян, чиновников и других мужчин, способных носить оружие. Дополнительная мобилизация по приказу Верховного правителя проводилась во всех городах, селах и деревнях к востоку от фронта. С востока на фронт с нарушениями графика движения, чинимыми на железнодорожной магистрали партизанами, шли эшелоны с американским вооружением и армейским снаряжением.
Тем временем соединения армии Пепеляева, оставившие Тобольск, преследовала 51-я стрелковая дивизия под командованием будущего Маршала Советского Союза В. К. Блюхера. Другие две дивизии (29-я и 30-я) той же 3-й армии действовали вдоль железной дороги Ялуторовск – Ишим, при этом командарм 29-й дивизии Матиясевич усилил эти дивизии бронепоездом «Грозный», где комиссаром был Иван Конев, впоследствии известный советский военачальник, в годы Великой Отечественной войны Маршал Советского Союза. От Кургана и Звериноголовска в направлении на Петропавловск вела наступление 5-я армия под командованием Тухачевского.