Тем не менее в народе Павлов слыл человеком глубоко верующим. Правда, некоторые утверждали, что Павлов посещал церковь исключительно из уважения к своей религиозной жене, а третьи были абсолютно уверены, что великий ученый просто любил церковное пение, специально ходил его послушать, а иногда и сам будто бы пел на клиросе. Да и сам Павлов окончательно всех запутал своими знаменитыми ответами на вопросы одной анкеты. «Верите вы в Бога или нет?». – «Нет, не верю». – «Считаете ли вы религию совместимой с наукой?» – «Да, считаю». – «Как же согласуются эти ответы?» – спросили его однажды журналисты. И получили ответ: «Целый ряд выдающихся ученых были верующими. Значит, это совместимо. Факт есть факт, и нельзя с ним не считаться». Легко понять, как это злило большевиков. До сих пор об этой пресловутой религиозности ученого человека рассказывают анекдоты. Идет академик Павлов по Невскому проспекту. Вдруг зазвонили в колокола на Знаменской церкви. Павлов останавливается. Крестится. Вслед ему сочувственно вздыхает прохожий: «Эх, темнота!» – «Да это у него условный рефлекс», – подхватывает другой.
Впрочем, с такой же иронией в городском фольклоре говорят о нем и как об ученом: «В детстве физиолога Павлова укусила собака. Собака выросла и забыла, а Павлов вырос и не забыл». Откликнулся и современный фольклор. Рекламная надпись на пакете с кормом для собак: «Новый Чаппи со вкусом академика Павлова. Для собак, которые помнят».
В советские годы среди ленинградцев жила легенда о призраке покойного Ивана Петровича, который после смерти ученого регулярно посещал Знаменскую церковь. Так это или нет, сегодня сказать трудно. Но то, что Павлов был примерным прихожанином и даже почетным старостой Знаменской церкви, общеизвестно.
Умер Иван Петрович при обстоятельствах самых загадочных. Однажды почувствовал обыкновенное «недомогание гриппозного характера». Зная о своем организме больше, чем кто-либо, а «скроен» он был, по мнению современников, «более чем на сто лет», значения болезни не придал. Однако поддался уговорам родных и врача пригласил. Между тем вскоре недомогание отступило, Павлов почувствовал себя хорошо, был необыкновенно взволнован и возбужден. Ему вспрыснули морфий, он успокоился и уснул. Умер Павлов во сне. И тут родилась легенда о том, что умереть ему помогли. В преддверии 1937 года органам НКВД вовсе не нужен был человек, который оставался единственным, кто «открыто критиковал сталинские злодеяния».
После его смерти говорили, что «умер последний свободный гражданин России», и передавали друг другу легенду о том, как умирал великий ученый. Он собрал всех своих учеников и стал диктовать ощущения человека при переходе из одного мира в другой. Последними его словами были: «Ну вот, коллеги, я и умер, – но тут же тихо продолжил, – но заметьте, щетина и ногти у меня продолжают расти». В этот момент, как утверждает легенда, в дверь постучали. Некий посетитель просил Павлова принять его. «Академик Павлов занят, – сказали ему, – он умирает».
Вскоре после смерти Павлова Знаменская церковь была закрыта, а в 1940 году снесена. После войны на месте снесенной церкви был разбит сквер с перенесенным с Пулковского шоссе томоновским фонтаном в центре. Этот фонтан в свое время находился в Московском парке Победы, а ныне установлен на Сенной площади.
Наконец, в 1950-х годах на месте снесенной Знаменской церкви был выстроен безликий наземный павильон станции метро «Площадь Восстания». Павильон увенчан куполом со шпилем, более похожим на корабельный флагшток, на который, говорят, до сих пор нет-нет да и перекрестятся проходящие мимо старушки. А еще верующие люди утверждают, что здесь, возле станции метро, на месте которого некогда стоял приходской храм, можно увидеть призрак академика Ивана Петровича Павлова.